התחילו בהכנת כריך ג'ל עמוד פולימרי. הסר את מלחציים ושכבות נייר דבק, ולאט לאט להסיר את המסרק. שטפו היטב את הבארות במים מזוקקים.
מניחים את כריך הג'ל כראוי במנגנון האלקטרופורזה האנכי. מלא את המאגרים העליונים והתחתונים במאגר TBE. חממו את הצלחות על ידי ביצוע הפעלה מוקדמת של אלקטרופורזה בג'ל למשך 30 דקות לפחות ב -50 וואט.
בינתיים, השהה מחדש את הדגימות המיובשות בחמישה מיקרוליטרים של מאגר העמסת ג'ל דנטורינג. לאחר מכן, השתמש מזרק קטן מלא חיץ TBE כדי לשטוף את האוריאה מתוך בארות של ג'ל. עכשיו לטעון את הדגימות לתוך בארות נקיות, לשים לב ריח של טעינה.
הפעילו את הג'ל במשך שעתיים ב-50 וואט או עד שהצבע הכחול של הברומופנול אזל ב-2/3 מהג'ל. לאחר אלקטרופורזה, לכבות את ספק הכוח, בזהירות להסיר את כריך זכוכית, ולנקות את לוחות זכוכית. הניחו את הג'ל במכונת צילום ג'ל כדי לזהות את הפלואורסצנטיות של רצועות האוליגונוקלאוטידים המסומנות ב-FAM.
לאחר שעה, ארבע ו-15 שעות של דגירה, חמש או 50 מיקרומולרים Bsep 1 הגיבו עם שתי דגימות מיקרומולאריות של G4 TBA, TBA חד-גדילי ו-TBA דו-גדילי. פקדים נטענו עבור כל קבוצה של דגימות. מצע G4 TBA הראה רק צינור אלקילציה אחד בשל זמינותו של G8 בלבד עבור אלקילציה ומחשוף תקוע לאחר מכן.
מספר רב של תעלות ורצועות של תוצרי מחשוף נצפו ב-TBA חד-גדילי ודו-גדילי, מכיוון שכל הגואנינים היו רגישים לתגובת Bsep. תגובת חיטוט וחיץ טריס גרמו למיפוי כימי לא יעיל עקב נוכחותם של נוקלאופילים בלתי רצויים, מה שגרם לפרופריואקטיביות מופחתת. דגימות G4 TBA הראו רק היווצרות של adduct ללא מחשוף תקוע.
עבור TBA יחיד ודו-גדילי, רק דגירה של 24 שעות הובילה לפיצול DNA, בהשוואה לפיצול של 15 שעות ללא Tris.
