כדי להתחיל, מערבבים את כמוסת הג'ל הכחולה לערבב צבע מאכל עם מים מזוקקים. חממו במיקרוגל את בקבוקוני המזון המכילים מזון אגר רגיל מקמח תירס עד שהמזון נמס לנוזל. מוסיפים את תערובת הצבעים לכל בקבוקון מזון ומערבבים היטב עד שהמזון כחול הומוגני.
הוסיפו כמות של תערובת צבע כחול כדי להרוות את צבע המזון, ולהבטיח שאין שינוי בצבע בין הבקבוקונים. הניחו מגבת נייר דקה על פתחי בקבוקונים במהלך הייבוש כדי למנוע מזבובים תועים לנחות בבקבוקון. לאחר שהמזון מקורר ומתמצק, מעבירים את הזבובים למזון הכחול המכיל בקבוקון.
לדגור על בקבוקונים עם זבובים במשך הלילה ב 25 מעלות צלזיוס. למחרת, העבירו את הזבובים לבקבוקונים המכילים מזון דרוזופילה סטנדרטי וספרו כל בקבוקון. לדגור על הזבובים ב 25 מעלות צלזיוס במשך 60 דקות.
לאחר הדגירה, מעבירים את הזבובים לבקבוקונים חדשים עם מזון דרוזופילה סטנדרטי. ציירו קו מקווקו לאורך הבקבוקון כדי לסמן את נקודת ההתחלה לספירה. ספרו ידנית את הנקודות הקטנות, העגולות, האטומות וחסרות הצבע על הקיר של כל בקבוקון.
רשום את היחס בין נקודות כחולות למספר הכולל של נקודות עבור כל בקבוקון. בזבובי ביקורת, המזון הכחול מסולק מהר יחסית ואילו בזבובי אלפא-סינוקלאין, המזון הכחול נשאר במעיים עד שמונה שעות. ביום ה-10 שלאחר האקלוסיה, כאשר זבובי אלפא-סינוקלאין מציגים פנוטיפ נוירודגנרטיבי חזק, נצפו הבדלים משמעותיים בזמן המעבר במעיים בהשוואה לזבובי הביקורת.
עם זאת, לא נצפו הבדלים במעבר המעי בין זבובי הביקורת לזבובי אלפא-סינוקלאין ביום הראשון שלאחר האקלוסיה.
