כדי לפתח שיטת LC-TIMS ToF MS/MS לניתוח פפטידי היסטון פרוטאוליטיים, חברו HPLC המצויד בטור C-18 עם מכשיר TIMS ToF MS מסחרי עם טכנולוגיה פסיבית קניינית. לאחר מכן, הגדר את תנאי ההפעלה של יינון ננו-אלקטרוספריי למתח נימי של 4, 500 וולט, קיזוז צלחת קצה של 800 וולט, לחץ נבולייזר של שלושה בר, גז יבש של 10 ליטר לדקה ומחמם יבש של 200 מעלות צלזיוס. הגדר את הגדרות MS לשש אנרגיית התנגשות אלקטרון וולט, RF התנגשות 1200 VPP, זמן העברה של 75 מיקרו-שניות ואחסון חמש מיקרו-שניות לפני פעימה.
התאם את נפח ההזרקה ל -20 מיקרוליטר, המתאים לשמונה מיקרוגרם של הדגימה, והגדר את קצב הזרימה ל -0.4 מיליליטר לדקה. לאחר הזנת ציר הזמן ההדרגתי שצוין וניסוי אצטוניד עם 0.1% אחוזי חומצה פורמית, בחר אישור בשתי התיבות הנפתחות כדי לשמור את השיטה. הפעל שיפוע LC לא ליניארי של 60 דקות באמצעות מים ואצטוניטריל, שניהם עם 0.1% חומצה פורמית.
אמת את פליטת הדגימה מה-HPLC ל-TIMS ToF באמצעות יינון ננו-אלקטרוספריי במצב יינון חיובי. כדי לזהות רצפי פפטידים ואתרי שינוי תחת הכלי MS-Digest, צור רשימה תיאורטית של פפטידים באמצעות Protein Prospector. לאחר מכן, בצע תקציר תיאורטי בהתחשב בתנאי העיכול, סוג השינויים שלאחר התרגום, טווח גודל הפפטידים, טווח זיהוי המסה והמספר הפוטנציאלי של מחשופים שהוחמצו.
כדי לנתח את הנתונים שנרכשו, חפש את המסות במספר מצבי מטען, החל מפלוס אחד ועד פלוס ארבע, עבור כל פפטיד תיאורטי. לאחר זיהוי כל יחס מסה לטעינה, בחר את הפסגה ואשר את MSMS באמצעות רשימה תיאורטית של יוני פיצול המבוססת על רצף הפפטידים. כולל שינויים לאחר תרגום.
ספקטרום הפיצול של הפפטידים חשף שלוש גרסאות פפטידים שונות עם שינויים שונים לאחר שעתוק, כולל קבוצות פרופיוניל ואצטילי, במיקומים שונים. תקן היסטון H3 פרופיונילציה הציג פפטידים ארוכים יותר מאשר הגרסה שלא שונתה. היסטונים שהופקו מתאי HeLa S3 הראו דפוסי שינוי מרובים לאחר התרגום באותן עמדות של חומצות אמינו.
