כדי להתחיל, פתח דפדפן אינטרנט ונווט אל הקישור כדי לגשת לפונקציונליות ניתוח נתיב משותף באתר MetaboAnalyst. גש לתיקייה שבה נשמרים קבצי הפלט מיישום DeepOmicsAE, ופתח את קבצי הטקסט בשם module_n. txt עבור כל מודול איתות שנוצר.
מתוך קבצי הטקסט, אתר את רשימת החלבונים והעתק אותם. בדף האינטרנט MetaboAnalyst, הדבק את רשימת החלבונים המועתקת לתוך חלבוני הגן עם חלון שינויי קיפול אופציונלי. חזור על הפעולה עבור מטבוליטים, והדבק אותם ברשימה המורכבת עם חלון החלפת קיפול אופציונלי באותו דף אינטרנט.
בחר את האורגניזם הרלוונטי ואת סוג תעודת הזהות. לאחר מכן, שלח את המידע על-ידי לחיצה על שלח בתחתית הדף. בדף הבא, אמת את מיפוי המזהים כדי לוודא שהמזהים מזוהים כראוי ולאחר מכן לחץ על המשך.
בדף הגדרת פרמטר, בחר מסלולים מטבוליים משולבים או כל המסלולים משולבים כדי להציג באופן חזותי את תרומת הקלט למסלולי איתות מטבוליים או כולם. בחלונית 'בחירת אלגוריתם', בחר Enrichment analysis, Hypergeometric Test; מדד טופולוגיה, מרכזיות תואר; ושיטת אינטגרציה, שילוב ערכי p ברמת הנתיב. לחץ על שלח בתחתית הדף.
הדף האחרון, תצוגת תוצאות, יציג את תוצאות ניתוח ההעשרה. זה כולל חלקות של מסלולים מועשרים על פי השפעתם ומשמעותם ורשימה טבלאית של מסלולים. פרשנות MetaboAnalyst של מודולי האיתות שהתקבלו על DeepOmicsAE על מערך נתונים מדגימות מוח של חולי בריאות או חולי אלצהיימר גילתה כי עבור כל מודול איתות, מסלולים מטבוליים ואיתות שונים הועשרו.
יתר על כן, אפיון האינטראקציות המתרחשות בין מאפיינים קליניים ומודולי איתות הראה כי חילוף החומרים הגליצרוליפידים המשתנה בחולי אלצהיימר היה קשור למינם ולגילם בעת המוות. לעומת זאת, שינויים בסינפסות ובתפקוד האקסון נוטים להתרחש בקרב חולי אלצהיימר, ללא קשר למינם, רמת השכלתם ואריכות חייהם.
