כדי להתחיל, הפעל את תוכנת עיבוד התמונה, בחר קובץ ולאחר מכן פתח נתונים ובחר את התמונות שנסרקו מיקרו CT שנוצרו בעבר בפורמט נקודה BMP. כאשר החלון של הפרמטרים לקרוא את התמונה נפתח, לאשר את הפרמטרים ולקבל אם נכון. בחלונית הראשית, לחץ על תצוגת הפרויקט כדי לאתר אובייקט חדש שנוצר עם שם קובץ BMP נקודות.
לחצו לחיצה ימנית על העצם שנוצר ובחרו באפשרות ortho slice, ואחר כך לחצו על create. תחת מאפיינים, בחרו במישור הכיוון ובמספר הפרוסה שיש לראות. כדי לקבל נפחים תלת-ממדיים של הראש המלא בחלונית הראשית, עבור לתצוגת Project, לחץ לחיצה ימנית על אובייקט התמונה, בחר באפשרות הסף האינטראקטיבי ולחץ על צור.
תחת מאפיינים, שנו את הערכים לסף RGB מינימלי ולסף RGB מרבי עד לבחירת החלק בתמונה המתאים לראש החיה. לאחר מכן בחר החל. לחץ לחיצה ימנית על אובייקט הסף שנוצר מתחת לתצוגת הפרויקט.
במאפיינים, בחר isosurface, בחר סף כדי להציג את המשטח באופן חזותי ולאחר מכן לחץ על החל. כדי להפוך את ציוני הדרך לדיגיטליים, לחץ לחיצה ימנית על תצוגת פרויקט, בחר צור אובייקט, לאחר מכן בחר נקודות וקווים ולאחר מכן ציוני דרך, ולאחר מכן לחץ על צור. לאחר מכן לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על ציוני הדרך של האובייקט החדש.
בחר תצוגת ציון דרך ולחץ על צור. תחת גודל, שנה את גודל הנקודה. כדי להוסיף ציוני דרך במאפיינים, במצב עריכה, בחר הוסף.
בצעו דיגיטציה של חמש נקודות המפוזרות באופן שווה סביב העקומות עד לנקודת הציון הבאה בצומת קליפת המוח התיכונה, ולאחר מכן בצעו דיגיטציה של שמונה נקודות ציון למחצה סביב קליפת המוח. כדי לשמור את הנקודות הדיגיטליות, לחץ לחיצה ימנית על ציוני דרך של אובייקטים ובחר שמור נתונים. כדי לפלח את המוח, לחץ לחיצה ימנית על תצוגת פרויקט, ואחריו צור אובייקט, בחר תמונות ושדות, ולאחר מכן תיוג שדה.
לחץ על צור. בחר באובייקט שדה התווית, ולחץ על האפשרות עורך הפילוח במאפיינים. תחת חומרים, הוסף חומר חדש ושנה את שמו למוח.
תחת בחירה, בחרו בפרוסה הנוכחית כדי לפלח את הרקמה המתאימה למוח בכל פרוסה. בכלים, השתמשו בשרביט הקסמים ובמברשת כדי לבחור את רקמת המוח בכל פרוסה. לאחר מכן, תחת בחירה, הקש על הוסף.
כעת חזור לתצוגת הפרויקט, לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על שדה התווית ובחר צור משטח ולאחר מכן לחץ על החל. לאחר קבלת המשטח, יש למרוח משטח חילוץ כדי לייצא אותו. באמצעות סריקת מיקרו-CT, למרות גודלם הקטן של מוחות עכברי יילודים, ניתן להבחין במבנים אנטומיים כגון פקעות הריח, קליפת המוח, המוח האמצעי, המוח הקטן והמוח האחורי.
הסגמנטציה הידנית של המוח כולו הביאה לשחזור מודל תלת-ממדי של מוח היילודים.
