כדי להתחיל, פיתוח שיטת TIMS-TOF MS/MS, פתח את יישום הבקרה TIMS. תחת הגדרות MS, הגדר את ערכי ההתחלה והסיום של הסריקה ל- 50 יחס מסה לטעינה ו- 1, 800 יחס מסה לטעינה, בהתאמה. בחר את מצב קוטביות היונים כחיובי ואת מצב הסריקה כמקבילי, פיצול טורי מצטבר או פסיבי.
לאחר מכן, עבור לכרטיסיות תחת המקור ולהגדיר את קיזוז צלחת הקצה ל 500 וולט, נימי ל 4, 500 וולט, נבולייזר ל 3.0 בר, גז יבש ל 10.0 ליטר לדקה וטמפ 'יבש ל 200 מעלות צלזיוס. בהגדרות משאבת המזרק, הקצה את המזרק כהמילטון מיליליטר אחד. הפעל את האפשרות פעיל והגדר את קצב הזרימה ל 80.0 מיקרוליטר לשעה.
בכרטיסיה MS/MS, תחת יונים מקדימים, הגדר את מספר הרמפות הפסיביות לשמונה, את הטעינה המינימלית לאחד ואת הטעינה המרבית לחמש. בהגדרות תזמון, הפעל את החזרות המקדימות ותחת אי-הכללה פעילה, סמן את התיבה כדי להפוך את השחרור לזמין והגדר אותו ל- 0.40 דקות לאחר מכן. אל תתאים את הגדרות אנרגיית ההתנגשות והבידוד באמצעות הגדרות.
לאחר מכן לחץ כדי להפעיל את תיבת הצעד TIMS. כדי לבצע כיול הן עבור תחום יחס מסה לטעינה והן עבור תחום הניידות, תחת הגדרות הכיול יחס מסה לטעינה, בחר באחד מפרופילי מיקס הכוונון הטעונים מראש בתיבת רשימת ההפניות. כדי לכייל, טען את המזרק עבור TOF עם פתרון ערבוב כוונון.
במצב כיול, בצד ימין של החלון, בחר בין ליניארי, ריבועי וריבועי משופר כדי להשיג את התוצאה הטובה ביותר
בתפריט הנפתח, בחר שמור בשם כדי ליצור קובץ שיטה חדש של MS.