עגינה מולקולרית לחקר האינטראקציה בין קסנטטין לחלבון Keap1

כדי להתחיל, הורד את המבנים הגבישיים של Xanthatin ו- Keap1. לאחר עיבוד המבנים, נווט בין שתי משימות ובחר באפשרות העגינה של ליגנד. בחר את רשת הקולטן כמו מהקובץ ולחץ על עיון.

לאחר מכן לחץ על שולחן העבודה, פתח את תיקיית העגינה המולקולרית ולחץ פעמיים על קובץ 2FLU של רשת הגלישה. בחר את קובץ ה- zip 2FLU של רשת הגלישה ולחץ על פתח. כעת, לחץ על השתמש בליגנדות מקבצים.

לאחר מכן לחץ על עיון ובחר שולחן עבודה. בחר בתיקיית העגינה המולקולרית ופתח את קובץ ligprep_1. לאחר מכן, בחר את הקובץ ligprep_1-out-maegz ולחץ לפתוח.

גש להגדרות ובחר באפשרות דיוק כ- XP, דיוק נוסף. שנה את שם המשימה כדי לדאות. xp2flu ולאחר מכן לחץ על הפעל.

כדי להציג את תוצאות העגינה, לחץ על קובץ ובחר אפשרויות ייבוא מבנים. נווט אל שולחן העבודה ופתח את תיקיית העגינה המולקולרית. לאחר מכן, בחר את קובץ XP 2FLU של תחנת העגינה לגלישה.

בחר את תחנת העגינה להחלשה XP 1 pv. קובץ maegz ולחץ על פתח. לאחר מכן לחץ פעמיים על הנקודה בסביבת העבודה כדי לבחור את הליגנד.

בחר sitemap_1_protein. לחץ על טבלה והחלק לקצה הימני כדי להציג את תוצאת העגינה. כדי להציג באופן חזותי את התוצאות הדו-ממדיות, בחר sitemap_1_protein כפי שהודגם קודם לכן.

לחץ על Ligand Interaction, בחר View וסמן את תיבת מקרא LID. לאחר מכן לחץ קובץ, בחר שמור צילום מסך והזן 6, 000 לרוחב. בטל את סימון התיבה רקע שקוף ולחץ על אישור. שמור את הקובץ בשולחן העבודה כ-2D-xanthatin-2FLU.

ניתוח עגינה מולקולרית ניבא את האינטראקציה בין קסנטטין לחלבון Keap1.