כדי להתחיל, להכין את ממשק פפטיד חלבון עבור גיוון רצפים. פתח את קובץ PDB בכימרה וודא שמבנה יחידות המשנה של המטרה שלם ללא אטומים או קשרים חסרים. להסרת כל המולקולות הלא חיוניות מהמבנה, לחץ על בחר, לאחר מכן על שאריות, ולאחר מכן בחר את כל המולקולות מלבד חומצות אמינו סטנדרטיות.
לאחר מכן לחץ על פעולות ואחריו אטומים/אג"ח ומחק. לאחר מכן, לחץ על מועדפים ורצף, ולאחר מכן לחץ על השרשרת הנחשבת ליגנד. חתוך את שרשרת הליגנד למקטע האינטראקציה המזוהה על-ידי מחיקת כל השאריות למעט אלה שבין המיקומים שנבחרו.
לחץ על קובץ ושמור PDB כדי לשמור את המבנה הערוך בקובץ PDB אחר. העתק קובץ זה למיקום Linux הנגיש ליישומי Rosetta. השתמש ביישום PDB קבוע של Rosetta כדי לבצע אריזה מחדש של כל שרשראות הצד של חומצות אמינו של מבנה הבסיס לפני גיוון רצף על ידי הפעלת פקודה זו.
לאחר מכן, שנה את שם קובץ PDB שנארז מחדש עם סיומת המקף התחתון repack באמצעות הפקודה הבאה. לאחר מכן, הפעל pepspec במצב עיצוב כדי לבצע גיוון רצף באמצעות פקודה זו. לאחר מכן, צור pwm באמצעות gen_pepspec_pwm.
סקריפט py כלול בסוויטת רוזטה. כדי להפעיל קובץ script זה, השתמש בפקודה הבאה. ליצירת לוגו רצף, פתח את הקובץ עם רצפי הפפטידים שנוצרו בשלב הקודם באמצעות עורך הטקסט המועדף והעתק את כל הרצפים.
נווט אל שרת סמל האינטרנט והדבק את הרצפים בתיבת הטקסט יישור רצפים מרובים. בחר את הפורמט והגודל הרצוי של הלוגו בהתאם לאורך הקלט ולחץ על צור לוגו. באמצעות פרוטוקול זה, העדפות חומצות האמינו נחזו עבור מוטיב pLxIS השמור במשטח הקישור IRF5.
מיקום, מטריצת משקל ולוגו רצף שנוצרו לאחר גיוון הרצף הראו העדפה לגלוטמט במיקום 432 וללאוצין ואיזולאוצין במיקומים 433 ו-435. עמדות 427, 429 ו-436 שבדרך כלל מאוישות על ידי סרין הראו העדפה גבוהה יותר לאספרטט וגלוטמט, מה שהדגיש את התפקיד של זרחן ודימריזציה של IRF5. מיקום 425 הראה העדפה גבוהה לסרין, מה שמרמז על מעורבותו באינטראקציה חלבון-חלבון בצורתו הלא זרחנית.
