כדי להתחיל, פתח את התוכנה ובחר באפשרות ליצור קובץ DNA חדש. הכן את רצף הגן PRRSV מ- NCBI ולחץ על בסדר כדי ליצור את קבצי הרצף. נתח את הרצף וסמן את צמתי השברים.
זהה את כל הצמתים לפני תכנון פריימרים ספציפיים לרצף עבור המקטעים. לאחר מכן לחץ על פריימרים ובחר הוסף פריימר. הדבק את הרצף הספציפי והוסף רצפים חופפים של הווקטור לחמשת הנוקלאוטידים הראשוניים הראשונים של הפריימר.
תן שם לפריימר קדימה ולחץ על הוסף פריימר לתבנית כדי לשלב את הפריימר המעוצב בתבנית. לאחר מכן סמנו את צמתי השברים ועצבו את פריימר הרצף הספציפי ההפוך של השברים. שוב, נווט אל פריימרים ובחר הוסף פריימר.
הזן את הרצף הספציפי. הוסף את אתר ההגבלה לחמשת הנוקלאוטידים הראשוניים הראשונים. כמו כן, כלול 20 עד 40 זוגות בסיסים של רצפי חבלה וקטוריים לחמשת הנוקלאוטידים הראשוניים הראשונים של אתר ההגבלה.
תן שם לפריימר ההפוך ובחר הוסף פריימר לתבנית. לאחר מכן, הגדר שש תגובות PCR נפרדות באמצעות ששת המקטעים וזוגות פריימר מתוכננים. הפעל את ה-PCR לפי פרוטוקול בן שלושה שלבים כפי שמוצג כאן.
לאחר השלמת PCR, פיפטה מיקרוליטר אחד של שישה חיץ טעינה xDNA עם חמישה מיקרוליטר של מוצר PCR. מערבבים וצנטריפוגות לזמן קצר. נתח את הדגימות באמצעות אלקטרופורזה ג'ל agarose 1%.
כדי לבנות גן באורך מלא, קטעי PRRSV הוגדלו באמצעות שש תגובות PCR. גודל השברים אושר על ידי אלקטרופורזה של ג'ל אגרוז.