כדי להתחיל, הניחו שתי צלחות 96 בארות, שוקת העמסה וקצוות פיפטה רב ערוציים בתוך מכסה המנוע PCR. לאחר תיוג כל לוחית, סובבו את צלחת 1 180 מעלות כך שמספרי העמודות יהיו הפוכים תוך השארת צלחת 2 מול הטכנאי. לאחר מכן יוצקים את צינור חמשת המיליליטר של תערובת האב MM qPCR מוכנה לתוך שוקת הטעינה.
השתמש בקצה צינור כדי להבטיח שכל התמיסה מהצינור מועברת. חברו את הקצוות לפיפט הרב-ערוצי, תוך לחיצה בבסיס כל קצה כדי לאבטח אטימה הדוקה. בעזרת פיפטינג הפוך, פזרו תחילה את תערובת האב לכל העמודות הזוגיות או לכל העמודות האי-זוגיות, לסירוגין בין שני הלוחות.
לאחר ערבול וצנטריפוגה של רצועות ה-PCR, סדרו אותן במדף הצינור לפי הסדר שבו יונחו על הצלחות. כעת סובב את שני הלוחות ב-180 מעלות כך שמספרי העמודות יתהפכו ביחס לטכנאי. השתמש פיפטה רב ערוצית כדי להשעות פתרונות ברצועות PCR.
באמצעות פיפטינג הפוך, מלא את שלוש העמודות הראשונות של כל לוח ברצועת PCR A, לסירוגין בין עמודות זוגיות או אי-זוגיות כמו מיקום תערובת האב. באמצעות פיפטה של 200 מיקרוליטר שנקבעה ל -90 מיקרוליטר, השהה מחדש ביסודיות את צינור הדילול הסטנדרטי השביעי ברצועת PCR S ומלא את העמודות הרביעית עד השישית על הלוחות. לאחר מילוי הצלחות, טפחו עליהן בעדינות על ראש הספסל כדי להבטיח שהנוזל בבארות ישקע בתחתית.
לאחר מכן מכסים את החלק העליון של הלוחות בסרטי איטום, לוחצים כלפי מטה על כל קצוות הסרט עם קצות האצבעות כדי להבטיח אטימה הדוקה. כדי לערבב את תכולת הצלחות, סובבו אותן על מכסה המנוע למשך 30 שניות. לאחר מכן מניחים את הצלחות האטומות בספינר הצלחת למשך שתי דקות כאשר פתחי הבאר פונים למרכז.
כעת הניחו את הלוחות ב- thermocycler וודאו שמספרי העמודות קריאים. נקו את החלק העליון של כל צלחת עם רקמה נקייה לפני סגירת החלק העליון של thermocycler. לאחר מכן לחץ על התחל הפעלה כפתור בתוכנת thermocycler עבור שתי המכונות.
כשתתבקש, הזן כותרת עבור קבצי הניתוח, אשר תשמש כדי לתייג ולעקוב אחר הנתונים מניסוי זה.