לאחר הרצת LCMS של תמציות שורשי צמחים, בדוק את כרומטוגרמת היונים הכוללת של סריקות Q1 ו- Q3, כולל סריקת יוני המוצר התלויה בנתונים. שימו לב למסת אב של יונים שופעים בעלי תכונות דמויות אלקלואיד טרופאן, כולל מסה מתחת ל-500 דלטון עבור יון טעון חיובית, בדרך כלל, מספר זוגי. זמני שמירה בין שתיים ל-22 דקות, ומקטעים התואמים לערכי מטען אב התואמים לאלקלואידים טרופניים.
בחנו את הכרומטוגרמה או התעלה של סריקת היונים המקדימים במיוחד עבור מטען מאסטר 124, וקבעו אילו פסגות או יונים באילו זמני שמירה מייצרים את המקטע הספציפי הזה. לחץ על סריקה אחר סריקה, דרך הכרומטוגרמה וסקור את ספקטרום MS-MS המלא מסריקת יוני המוצר התלויה בנתונים, במיוחד עבור מינים בעלי שפע נמוך יותר. לאחר מכן, נתחו את הכרומטוגרמות של סריקת היונים המקדימים יחד עבור מטען ראשי 122 ו-140, המצביעים על אלקלואידים טרופניים מוחלפים, ומטען מאסטר 138 ו-156, המעידים על אלקלואידים טרופניים תלת-תחליפים.
בדוק את הכרומטוגרמה או התעלות של סריקת אובדן ניטרלי עבור מטען ראשי 160 ו- 166. זהה אילו פסגות או יונים מייצרים הפסדים ניטרליים וציין את זמני השמירה שלהם. לחץ על סריקה על ידי סריקה דרך הכרומטוגרמה והשווה עם פיצול סריקת יונים תלוי נתונים, במיוחד עבור מינים בעלי שפע נמוך יותר.
השתמש בשילוב של סריקת יונים מקדימה ונתוני סריקת אובדן ניטרליים, הנתמכים על ידי תוצאות סריקת יוני מוצר תלויות נתונים, כדי ליצור ביאורים משוערים של האלקלואידים שנצפו. התחל עם מסת הטרופאן הקטנה ביותר, ולאחר מכן הוסף את ההפסד הניטרלי, וקח בחשבון את כל המסה שנותרה. השווה את הביאורים האלקלואידים לאלה שדווחו בספרות כדי לקבוע את דפוס החלפת האלקלואיד הטרופאני.
בנוסף, השתמש בתקנים זמינים מסחרית של אלקלואידים טרופאן נפוצים לאישור. כרומטוגרמה מלאה של סריקת Q1 של תמצית שורש Datura metel חשפה אלקלואידים טרופניים מגוונים בשפע משתנה. תכונות עבור מטען מאסטר 124, 122, 140, 138, ו 156 הצביעו על נוכחות של אלקלואידים tropane.
רבים מהאלקלואידים הטרופניים הללו היו אצטילטים, טיגלואילטים, או נגזרו מחומצה פנולקטית או טרופית, כפי שמעידים האותות בכרומטוגרמות סריקת האובדן הניטרלי. ניצול נתונים ספקטרליים איפשר ביאור של אלקלואידים ספציפיים, בעיקר זיהוי תרכובת עם מסה נראית לעין של מטען מאסטר 224. השיטה אפשרה ניכוי של מבנה מורכב באמצעות דפוס הפיצול שלו ואובדן נייטרלי, המאשר את נוכחותן של קבוצות tigloyl כתחליפים.
הבדיקה של תמצית מי מתנול מזרעי Datura stramonium הניבה סריקת Q1 מלאה של כרומטוגרמה בסיסית בשיא, וזיהתה אלקלואיד טרופאן חד-תחליף בשפע רב, ככל הנראה היוסקיאמין. ספקטרום MS-MS ברזולוציה גבוהה מאפשר גם זיהוי אלקלואידים חדשים מזרעי סטרמוניום Datura.
