בתור התחלה, חשפו את הצמחים לתנאי עקה שונים כמו בצורת, כריתת מים וחום. מעבירים את הצמחים ממקום הגידול שלהם למערכת הפנוטיפ, המחוברת לאזור חיץ גדילה להעמסה ידנית של צמחים למערכת. בפלטפורמת הפנוטיפ, מקם את הסירים בדיסקים הנעים אוטומטית על מסוע במרווחי זמן נתונים לחיישן ההדמיה.
תייג כל צמח או מגש עם מזהה ייחודי כדי להבטיח שהנתונים הנמדדים מוקצים כראוי לצמח המתאים לאורך כל הניסוי. כדי לייעל את פרוטוקול הפנוטיפ באמצעות חיישני הדמיה מרובים, עבור אל מתזמן מסך הצמח וצור ניסויים חדשים. לחץ על הוסף פעולה ולאחר מכן בחר הוסף פריט פרוטוקול ואחריו טען מגש.
קבעו את אור ההתאמה, בחרו מידה ולחצו על 'הוסף מתכון'. בחר את חיישן ההדמיה הנדרש והגדר את ההתאמות למדידת הפרמטרים הפיזיולוגיים והמורפולוגיים של צמחים. בפלטפורמת הפנוטיפ, ודא שהצמחים נכנסים למערכת דרך מנהרת הסתגלות.
צלם תחילה את גובה המפעל, ולאחר מכן כוונן את גובהו של כל חיישן בהתבסס על מרחק עבודה קבוע. בצע את הסבב הראשון של מדידות פלואורסצנטיות של כלורופיל על צמחים מותאמים לאור באמצעות פרוטוקול אור קצר כדי להבדיל בין תגובות הצמח לטיפולים שונים. לאחר מכן בצע הדמיה תרמית כדי למדוד פרמטרים פיזיולוגיים תחת טיפולי לחץ חום.
בסבב השני, מדדו תגובות איטיות יותר כגון RGB מבני והדמיה היפרספקטרלית. לשלב השקילה וההשקיה, הגדירו את משקל הייחוס לכל צמח, כולל משקל הדיסק, הכניסו הממוקם על המסוע, תומכים במחזיקי כחולים, מחצלות כחולות, עציץ, אדמה וביומסה צמחית כדי לאפשר השקיה ושקילה אוטומטיות לטיפול הנתון. השתמש בתוכנת מנתח הנתונים לחילוץ אוטומטי, חיסור רקע ופילוח מסיכת צמחים של צינור עיבוד התמונה.
התכונות המורפולוגיות, כולל נפח הצמח וקצב הצמיחה היחסי של צמחי הבקרה, גדלו בהתמדה. עם זאת, תחת חום, חום משולב, בצורת וכריתת מים, עלייה זו בנפח הצמח הופחתה בבירור. מכיוון שצמחים רגישים מאוד לעקה של כריתת עצים, נצפתה ירידה בקצב הצמיחה היחסי.
התכונות הפיזיולוגיות מהנתונים הפלואורסצנטיים של כלורופיל הראו כי רישום מים השפיע לרעה על יעילות הפוטוסינתזה באפס עד חמישה ושישה עד 10 ימים של פנוטייפ. אבל תגובת התאוששות נצפתה תוך 11 עד 15 ימים של פנוטיפינג. ההדמיה התרמית וצמחי המים הראו כי טמפרטורת הדלתא הייתה גבוהה בהשוואה לטיפולים אחרים באפס עד חמישה ושישה עד 10 ימים של פנוטיפינג, מה שמצביע על טמפרטורת עלים גבוהה יותר, אך ירידה קלה לאחר 11 עד 15 ימים של פנוטיפ המשקף את שלב ההחלמה.