התחל על-ידי הוספת כל ערכות נתוני הקלט של multiomics לתיקיית נתוני הקלט. כאן הם מכילים נתונים מחולים עם תסמונות כליליות יציבות, כרוניות וחריפות. כדי לעבד מראש את הנתונים, לחץ על סמל התיקיה ולאחר מכן לחץ פעמיים על mofa_workflow סקריפטים ותצורות כדי לגשת לתיקיית התצורה.
לחץ פעמיים על קובץ ה- CSV של תצורת הנתונים כדי לפתוח אותו. בעמודה value, הזן את הנתיבים לתיקיות נתוני הקלט והתוצאות. בעמודה name-value של התצורה, ציין שם שיתווסף כסיומת קובץ עבור כל הקבצים שנשמרו.
כדי לשמור את השינויים, בחר קובץ ושמור קובץ CSV מהתפריט בחלק העליון. לאחר מכן, באמצעות תפריט הניווט בצד שמאל, לחץ על סקריפטים כדי לעבור לתיקיית הסקריפטים. לחץ לחיצה כפולה על 00_Configuration_Update.
IPYNB כדי לפתוח את מחברת האתחול. כדי להפעיל את הסקריפט, לחץ על הפעל מחדש ליבה והפעל את כל התאים כפתור בחלק העליון ולאחר מכן לחץ על הפעל מחדש בחלון הקופץ. כדי לנווט אל תיקיית התצורות, לחץ פעמיים על תצורות.
לאחר מכן לחץ פעמיים על 01_Pre_Processing_SC_Data. CSV כדי לפתוח את הקובץ. אמת את הערכים שמולאו אוטומטית, בחר קובץ ושמור קובץ CSV מהתפריט בחלק העליון כדי לשמור את השינויים.
לאחר מכן השתמש בתפריט הניווט בצד שמאל ולחץ על סקריפטים כדי לנווט לתיקיית הסקריפטים. לחץ פעמיים על 01_Prepare_Pseudobulk. IPYNB כדי לפתוח את המחברת.
כדי להפעיל את הסקריפט, לחץ על הפעל מחדש ליבה והפעל את כל התאים כפתור בחלק העליון ולאחר מכן לחץ על הפעל מחדש בחלון הקופץ. כדי לנווט אל תיקיית האיורים, לחץ פעמיים תחילה על איורים ולאחר מכן על 01_figures. פתח את העלילה החדשה שנוצרה FIG01_Amount_of_Cells מבט כולל.
לאחר מכן בחן את העלילה כדי לזהות אשכולות מסוג תאים עם מספר נמוך מאוד של תאים לדגימה. רשום לעצמך את השמות של מזהי אשכולות אלה כדי לא לכלול אותם בשלבים הבאים. כדי לנווט חזרה לתיקיית התצורה, לחץ על נקודות ולחץ פעמיים על תצורות.
לאחר מכן פתח את 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv הקובץ. הוסף את כל מזהי האשכולות שזוהו לאי-הכללה בשלב הקודם, כשהם מופרדים באמצעות פסיקים בעמודה cell_type_exclusion. כדי לשמור את השינויים, בחר קובץ ושמור קובץ CSV מהתפריט בחלק העליון.
עכשיו לפתוח את הקובץ 02_Pre_Processing_Configuration. CSV, והתאם את תצורת העיבוד מראש עבור כל ערכת נתונים הכלולה ומאוחסנת בתיקיית קלט הנתונים. התאם את הפרמטרים בעמודות לפי הצורך, בהתאם לשלבי העיבוד מראש שיש להחיל.
שמור את השינויים על-ידי בחירה באפשרות קובץ ושמור קובץ CSV. כדי לנווט לתיקיית הסקריפטים, לחץ על סקריפטים. פתח את המחברת 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb.
לחץ על הפעל מחדש ליבה והפעל את כל התאים כפתור בחלק העליון ולאחר מכן לחץ על הפעל מחדש בחלון הקופץ. לאחר מכן, נווט אל תיקיית 02_results שנוצרה. לחץ על סמל התיקיה ולאחר מכן לחץ פעמיים על התוצאות ועל 02_results.
ודא שהוא כולל את 02_Combined_Data הקובץ, שם התצורה, CSV משולב המכיל את קובץ קלט הנתונים המשולב לפני התהליך.
