כדי להתחיל, מקם את תמונות עין הזבוב הבריאה והמנוונת של דרוזופילה באותה תיקייה. ודא שהקבצים נקראים כראוי כדי לזהות את קבוצות הניסוי ולהבחין בין זכרים לנקבות. פתח את תוכנת Ilastik.
לחץ על צור פרויקט חדש. לאחר מכן, מתוך זרימות עבודה אחרות, בחר ספירת צפיפות תאים ובחר מיקום לשמירת קובץ הפרוייקט. ברצף, לחץ על 1.
הזן נתונים, הוסף חדש והוסף תמונות נפרדות לבחירת התמונה הסטנדרטית. לאחר מכן לחץ על 2. בחירת תכונות ובחר את התכונות.
בחר ערכי סיגמא נוספים כדי להגביר את הרגישות. לחץ על 3. ספירה והגדרת ערך הסיגמא הקדמי ל- 5.00.
בעזרת הכלי חזית, סמנו 50 אומטידיה בודדת או יותר בתמונה הסטנדרטית. לחץ על 3. ספירה חוזרת ושימוש בכלי הרקע כדי לסמן את האזור שמחוץ לאומטידיה.
ציירו קווים ירוקים בצורת סריג סביב האומטידיה. לחץ על 4. 'ייצוא דחיסות' ובחרו 'ייצוא קביעות תמונה' להתאמת קביעות התמונה.
לאחר מכן לחץ על פרטי קובץ פלט ובחר פורמט tiff לניתוח נוסף ב- Flynotyper. לחץ על 5. עיבוד אצווה, בחר קובצי נתונים גולמיים ובחר את כל תמונות הזבוב הניסיוניות לניתוח.
רשימת התמונות המיובאות לניתוח מוצגת תחת Select Raw Data Files. לחץ על עבד את כל הקבצים בתחתית 5. מקטע עיבוד אצווה.
לאחר שהתוכנה מסיימת את העיבוד, בדוק את התיקיה המכילה את תמונות עין הזבוב הניסיוניות. ודא שתמונות שחורות שמות, הסתברויות שם הדגימה שלך, קיימות. ב- ImageJ, פתח את קובץ tiff שנוצר על-ידי Ilastik.
השתמש בכלי בחירת מלבן ליצירת מלבן מסביב לעין. בחר Control X או Control C כדי לחתוך את האזור ולהמתין להופעת תיבה שחורה בצורת קו המתאר של המלבן. ברצף, לחץ על קובץ, חדש ולוח פנימי כדי לפתוח את עין הזבוב החתוכה.
כדי לשמור את עין הזבוב החתוכה כ- JPEG, לחץ על קובץ, שמירה בשם ו- JPEG. ב-ImageJ, לחצו על Plugins ו-Flynotyper. תחת Genotypes, בחר Add Genotypes ופתח את התיקייה המכילה את תמונות עין הזבוב החתוכות.
סמן את התיבות מיקרוסקופ אור ואנכית. לאחר מכן תחת דרג Ommatidia לפי, סמן את יציבות ומרחק לתיבות מרכז. עבור מספר האומטידיה המדורגת הנחשבת, הגדר קלט כ- 200.
לחץ על הפעל והמתן להופעת תוצאות הניתוח. העתק והדבק את קובץ הדוגמה ואת ציון P לתוכנה סטטיסטית לניתוח נוסף. תמונות עיניים של דרוזופילה שעובדו עם אילסטיק ונותחו תחת אור טבעתי הראו דפוסים אומטידיאליים ברורים יותר בהשוואה לאלה ללא אור טבעתי, מה ששיפר את ההערכה האיכותית.
ניתוח Flynotyper הצביע על ציונים פנוטיפיים גבוהים משמעותית בעיני זבוב מנוונות במידה בינונית וחמורה בהשוואה לעיניים לא מנוונות. כאשר לא נעשה שימוש באילסטיק, ציוני ה-P בין עיניים לא מנוונות לעיניים מנוונות במידה בינונית היו דומים.
