כדי להתחיל, הורד את צינור הניתוח הדחוס מ- GitHub על ידי הקלדת הפקודה במסוף. לאחר ההורדה, הזן את הפקודה כדי לבטל את דחיסת קובץ ה- zip. לאחר השלמת ביטול הדקומפרסיה, הסר את קובץ ה- zip ושנה את שם התיקיה הלא דחוסה.
לאחר מכן, הגדר הרשאות הפעלה עבור כל סקריפטי המעטפת בספריית העבודה. מתוך האפשרויות הזמינות, אתר את סקריפט מעטפת ההתקנה המתאים. חפש סקריפט בשם Script_01_Installation.sh.
פתח את המסוף והקלד echo SHELL כדי לבדוק את מעטפת ברירת המחדל המשמשת במסוף הפעיל. אם bash אינו מעטפת ברירת המחדל, הגדר אותו על ידי הקלדת chsh s בטרמינל. הקלד את סקריפט הורדת התור המהיר במסוף, או גרור את קובץ הסקריפט לתוך המסוף והקש Enter.
לאחר הפעלת קובץ ה-script, בדוק אם קיימות הודעות שגיאה בקובץ יומן הרישום. כעת, הזן את סקריפט החיתוך במסוף ובצע אותו. לאחר מכן, הקלד את סקריפט יצירת אינדקס bowtie2 במסוף ובצע אותו.
לבסוף, הפעל את סקריפט המיפוי bowtie2 ולחץ על Enter. הקלד את סקריפט הסינון והמיון של BAM במסוף והפעל אותו. לאחר מכן, המר bam לפורמטים BEDPE, BED ו- bedGraph על ידי הקלדת הפקודה המתאימה במסוף והקשה על Enter.
בצע נורמליזציה באמצעות שיטת SRPMC ולאחר מכן הפעל את קובץ ה- Script לניתוח גודל הוספה. בצע שיחות שיא באמצעות הפקודה MACS בטרמינל. לאחר מכן, הקלד את הפקודה עבור שיחות שיא באמצעות SEACR והקש Enter.
צור קובצי peak BED באמצעות הפקודה המתאימה במסוף ולאחר מכן סנן את הפסגות. לאחר מכן, הזן את הפקודה למיזוג פסגות MACS. הקלד את הפקודה במסוף כדי למזג פסגות SEACR.
צור תרשים מתאם, והפעל את הפקודה לניתוח רכיבים עקרוניים בטרמינל. לאחר מכן, צור דיאגרמת חיתוך קבוצות (Venn) המשווה בין שיטות שונות באמצעות הפקודה המתאימה. הזן את הפקודה כדי ליצור דיאגרמת חיתוך קבוצות (Venn) עבור עותקים משוכפלים.
לבסוף, צור מפת חום ממוקדת במרכז השיא. לאחר מכן, צור מפת חום שלמה של מרכז שיא.
