ניתוח מבוא ותיקוף של נתוני רצף CUT&RUN

המחקר שלנו בוחן את תפקידם של רכיבי דנ"א חוזרים ונשנים בהתחלת סרטן והתקדמותו. אנו שואלים האם גורמים אלה מעורבים ישירות במנגנונים של התחלת סרטן, ואם כן, האם אנו יכולים להשתמש במידע זה כדי לשפר את תוצאות החולים. טכנולוגיות ריצוף רבות של הדור הבא וצנרת אנליטית פותחו כדי ללכוד את התכונות והשינויים של הגורמים האפיגנטיים כגון שינויי שעתוק או כרומטין לאחר תרגום והקישור בלוקליזציה הספציפית על הכרומטין ורצפים של DNA או RNA אשר נלכדים על ידי החלבון המגן הן ברזולוציה של תא אחד והן ברזולוציה של תא בודד.

הטכנולוגיות המשמשות לקידום המחקר בתחום שלנו הן אלה המסוגלות למפות את המיקומים הגנומיים של היסטונים מהונדסים או גורמי שעתוק על כרומטין. לענייננו, הטכניקה הרלוונטית ביותר בתוך מטריית טכנולוגיות זו היא טכניקה הנקראת CUT&RUN. צינור ניתוח CUT&RUN זמין לציבור הוא מורכב יחסית עבור מתחילים ביואינפורמטיים שרוצים להבין את זרימת הניתוח ולפתח צינור ניתוח משלהם עבור הפרויקט שלהם.

אבל צינור הניתוח של CUT&RUN שלנו מפותח צעד אחר צעד בשפת תוכנית יחידה, שהרבה יותר קל להבין את הזרימה וקל יותר לשנות אותה כדי לקבל את הנתונים באיכות הפרסום שלהם ולבנות את החוויה עבור הביואינפורמטיקה. אנו מתמקדים במציאת התשובה על האופן שבו ביטוי RNA דו-גדילי כרוני משפיע על התחמקות הביומימיקרי ועל שיעורי האימונותרפיה בהתפתחות סרטן, וכיצד חלבון TP53 יכול לווסת את ביטוי הרנ"א הדו-גדילי הכרוני ואת התחמקות הביומימיקריה. ובסופו של דבר, אנו רוצים להבין כיצד אנו יכולים לרפא את הסרטן העמיד לאימונותרפיה על ידי הבנה ומיקוד של ביטוי הרנ"א הדו-גדילי הכרוני ותהליך ההתחמקות מהביומימיקריה.