המחקר שלנו כולל טכניקת ניסוי סדרתי והפרוטוקול כולל את הפרטים האלה הנחוצים לקוראים כדי להבין את השיטות שלנו. השיטה המשולבת שלנו מפצה על החיסרון של פרמקולוגיה רשתית ומטבולומיקה, וניתן להשתמש בה למטא-אנליזה טיפולית של רפואה טבעית. שיטה זו משמשת לסינון החומר הפעיל מהמרכיב של החברה והחליפה לרצים בעלי הרכב כימי מאסיבי, כמו רפואה סינית מסורתית.
כדי להתחיל, בחר את החומרים הפעילים ואת המטרות העיקריות על ידי חיפוש מילת המפתח phyllanthi fructus במסד הנתונים פרמקולוגיה של מערכות רפואה סינית מסורתית. כדי לקבל את רשימת החומרים הפעילים המועמדים והמטרות של פרוקטוס פילנטי, או FP, חפש את מילת המפתח היפרליפידמיה במסד הנתונים של כרטיסי הגנים, במסד הנתונים המקוון של תורשה מנדליאנית באדם, ובמסד הנתונים של המטרות הטיפוליות כדי להשיג את המטרות המועמדות בהתאמה של היפרליפידמיה. הורד את הגיליונות האלקטרוניים של יעדי המחלה ושמור אותם בתיקיה ומחק את המטרות החוזרות כדי לקבל את רשימת המטרות להיפרליפידמיה.
לאחר מכן העתק את רשימות החומרים הפעילים של FP, יעדי FP ויעדי היפרליפידמיה לגיליון אלקטרוני חדש. השתמש בפונקציה Data ID duplicates בסרגל הכלים כדי לקבל יעדי הצטלבות. ייבא את רשימת יעדי ההצטלבות לבסיס הידע של UniProt כדי לתקנן את שמות הגנים והחלבונים.
כדי לבנות רשת אינטראקציה של חלבונים, הדבק את רשימת יעדי החיתוך של FP כנגד היפרליפידמיה בתיבת הדו-שיח של רשימת השמות של מסד הנתונים String 11.5. בחר הומו ספיינס באורגניזמים. לחץ על חיפוש ולאחר מכן המשך.
לאחר שהתוצאות יהיו זמינות, הפעל את הצמתים המנותקים הגבוהים ברשת בהגדרות מתקדמות. הגדר את הביטחון הגבוה ביותר ל- 0.900 בציון האינטראקציה המינימלי הנדרש. לאחר מכן לחץ על לחצן העדכון.
לחץ על ייצוא בשורת הכותרת והורד את הטקסט הטבלאי הקצר של רשת האינטראקציה עם חלבון חלבון בפורמט PNG ו- TSV. כדי לבנות רשת יעד למחלה של רכיבי תרופות, פתח את Cytoscape 3.9.1 וייבא את הקובץ בפורמט TSV. מטב את הצבע, הגופן והצד של צמתי הרשת דרך סרגל הסגנון בלוח הבקרה.
שימוש בפונקציית רשת הניתוח לניתוח טופולוגיית רשת, להשיג גנים רכזת ב- CytoHubba ב- Cytoscape, ולהקים את רשת מחלות היעד של מרכיבי התרופה. כדי לבצע ניתוח העשרה של GO ו-KEGG, פתח את משאבי דיוויד ביואינפורמטיקה. לחץ על התחל ניתוח והדבק את רשימת היעד בתיבת הדו-שיח השמאלית.
בחר סמל גן רשמי במזהה נבחר והומו ספיינס במינים נבחרים. לאחר מכן הפעל רשימת גנים בסוג רשימה ולחץ על שלח רשימה. לאחר מכן, לחץ על אשכולות ביאור פונקציונלי תחת נתח מעל רשימת גנים עם אחד הכלים דוד.
אפשר מונח GO BP ישיר, מונח GO CC ישיר, מונח GO MF ישיר, ואונטולוגיה גנטית לניתוח העשרת פונקציות GO. אפשר מסלול KEGG במסלולים לניתוח העשרת מסלול KEGG. לחץ על תרשים הביאור הפונקציונלי כדי להציג את התוצאות.
השתמש בתוכנת SIMCA P לניתוח סטטיסטי רב-משתני של הערכים האינטגרליים המתקבלים מממצאי LCMS. השתמש בניתוח דיסקרימיננטי אורתוגונלי חלקי לפחות ריבועים, או OPLSDA, עבור נתוני המרכז הממוצע ומידול של מחלקות מדגם. לאחר מבחן OPLSDA, שקול את המטבוליטים עם חשיבות משתנה אינטגרלי בהיטל, או ערכי VIP, של גדול מאחד וערך P של פחות מ -0.05 ממבחן T של התלמיד כמטבוליטים דיפרנציאליים פוטנציאליים.
זהה את המטבוליטים והמסלולים המטבוליים המופרעים על ידי מקורות מסד נתונים פתוחים, כולל מטבוליזם אנושי, אנציקלופדיית קיוטו של גנים וגנומים, ו- MetaboAnalyst 5.0. דמיינו את תצוגות התוצאות על ידי MetaboAnalyst 5.0 ופלטפורמת Wukong. הורד את המבנה התלת-ממדי של רכיבי FP שנבחרו ממסד הנתונים הפרמקולוגי של מערכות הרפואה הסינית המסורתית.
חפש את שמות המרכיבים בתיבת החיפוש של שמות כימיים והורד את קובצי המבנה התלת-ממדי המתאימים בפורמט MOL Two. לאחר מכן, הורד את המבנים הגבישיים של מטרות המפתח ממסד הנתונים של מבנה חלבון קפל אלפא. חפש את שמות היעד בתיבת החיפוש והורד את קובצי מבנה הגביש המתאימים בפורמט PDB.
לאחר מכן ייבא רכיבים וקובצי מבנה יעד לתוכנת כלי AutoDock. לחץ על ערוך ומחק מים כדי למחוק מולקולות מים. לאחר מכן, לחץ על ערוך מימנים והוסף כדי להוסיף מימן.
הגדר את המרכיבים כליגנד ובצע עגינה עיוורת על ידי בחירת המטרות השלמות כקולטן. הזן ערך בתיבה מאחורי המרכז והגודל כדי להתאים את החלל החדש שפותח, כך שתאפשר להקיף את הליגנד ואת הקולטן במלואם. שמור את קבצי הליגנד והקולטן בתבנית PDBQT.
השתמש ב- AutoDock Vina כדי לבצע עגינה מולקולרית. הגדר את סרגל הקולטן לשם נקודת הקולטן PDBQT ואת סרגל הליגנד לשם נקודת הליגנד PDBQT. השג את המיקום האופטימלי לקשירת ליגנד לקולטן ורשום את ערך אנרגיית הקישור במיקום האופטימלי.
ייבא את קובצי העגינה לתוך פרופיל האינטראקציה של ליגנד החלבונים כדי לקבל את מודל מערכת הראייה. הורד את קבצי המודל בפורמט PSC וייבא אותם לתוכנת PyMOL כדי לבנות הדמיה נוספת. באמצעות פרמקולוגיה רשתית, נמצאו בסך הכל 19 רכיבים ו-134 יעדים הקשורים לרכיבים של FP.
לאחר התאמת המטרות הקשורות ל-FP עם המטרות הקשורות להיפרליפידמיה, 62 זוהו כמטרות פוטנציאליות עבור FP נגד היפרליפידמיה. רשת האינטראקציה של חלבוני החלבונים נבנתה על ידי String ו-Cytoscape. תוצאות העשרת GO הצביעו על כך שהתהליכים הביולוגיים של FP והפונקציה המולקולרית נגד היפרליפידמיה היו קשורים בעיקר לביטוי גנים ולקשירת חלבונים.
העשרת KEGG הוכיחה כי FP יכול להתערב במטבוליזם שומנים וטרשת עורקים. ניתוח OPLSDA שימש כדי לחקור את ההפרדה מטבוליטים בין קבוצת הביקורת השלילית, דיאטה עתירת שומן ועכברי FP במינון גבוה, אשר הראתה כי אותן דגימות קבוצתיות מקובצות יחד ודגימות קבוצתיות שונות הבחינו היטב. בסך הכל זוהו 16 ושישה מטבוליטים כמטבוליטים דיפרנציאליים ב- FP המשפיעים על עכברי HFD בפלזמה ובכבד.
מפות חום ששורטטו על ידי MetaboAnalyst 5.0 הראו כי כל המטבוליטים הדיפרנציאליים בפלזמה ובכבד השתנו בקבוצת הדיאטה עתירת השומן ורובם התהפכו בקבוצת FP. מטבוליזם טריפטופן הושפע באופן משמעותי פלזמה. מטבוליזם טאורין והיפוטאורין הושפע באופן משמעותי בכבד.
מטבוליטים דיפרנציאליים יובאו לתוסף MetScape ב-Cytoscape והתאימו את גני הרכזת שזוהו בפרמקולוגיה של הרשת כדי לאסוף את רשתות הגנים של אנזימי התגובה המורכבת. יתר על כן, המרכיבים מכוונים לרשת מסלולי מטבוליטים נבנתה. עגינה מולקולרית שימשה לניתוח אינטראקציות האתר הפעיל של הליגנד שלהם.
טכנולוגיה זו היא שיטה מקיפה להתחלת המרכיבים הגנטיים הפרמקולוגיים של הרפואה הסינית המסורתית. הוא מספק רעיון חדש למחקר המערב תרופות עם מרכיבים מלאים.
