Gli enzimi Reader agiscono in collaborazione con enzimi writer o eraser per creare modifiche della cromatina e diffonderne i cambiamenti attraverso distanze sostanziali lungo il cromosoma. Il processo, che funziona in modo simile agli enzimi writer o eraser, è qui descritto utilizzando la combinazione di reader and writer come esempio. Il processo inizia quando una proteina regolatrice trascrizionale si lega ad una sequenza di DNA specifica.

Dopo il legame, la proteina regolatrice recruta un enzima di scrittura in quel sito specifico su un cromosoma. L'enzima writer inizia quindi ad identificare gli istoni del nucleo. Una volta che i segnali sono stati aggiunti ad uno o più nucleosomi vicini, un complesso multiproteico contenente un enzima reader che riconosce questi segni si lega strettamente al nucleosoma appena modificato.

Il legame attiva l'enzima writer della multiproteina complessa e la posiziona vicino ad un nucleosoma adiacente, permettendo di aggiungere un nuovo marchio. Lavorando in cooperazione, gli enzimi reader e writer del complesso catalizzano una serie di molti cicli di lettura e scrittura. Questi cicli diffondono una modifica della cromatina, come la condensazione della cromatina, lungo un cromosoma.

Il confine tra domini di cromatina adiacenti, l'eucromatina e l'eterocromatina, che hanno strutture e funzioni diverse, è contrassegnato da sequenze specifiche di DNA chiamate sequenze di barriera. Queste sequenze di barriera agiscono come il sito di legame per varie proteine di barriera che bloccano la propagazione dell'eterocromatina nell'eucromatina mediando diverse azioni di barriera. Per esempio, alcune proteine di barriera reclutano enzimi modificanti l'istone, che cancellano i segnali dell'istone necessari per la diffusione dell'eterocromatina.

Alcune proteine di barriera si legano strettamente al gruppo dei nucleosomi, coprendoli e quindi rendendo l'eucromatina nascosta e resistente all'espansione della cromatina;ancora un'altra proteina di barriera che unisce una regione di cromatina a siti fissi di grandi dimensioni, come i pori nucleari e forma una barriera che blocca la diffusione dell'eterocromatina.