Identificare le dimensioni di una piastra PA14 contenente i worm dello stadio L4 eseguendo lo script Python extract_frame.py. Quindi aprire il file JPEG in ImageJ. Dal menu, scegli Analizza, quindi Imposta misure.
Assicurarsi che la casella Visualizza etichetta sia selezionata e chiudere la finestra. Utilizzando lo strumento linea retta, misurate il diametro di una lastra tracciando una linea attraverso di essa. Quindi scegli Analizza, quindi Misura dal menu.
Se il video è in 1080 pixel, ogni piastra sarà larga circa 480 pixel. Immettere queste informazioni nel blocco note da utilizzare in seguito e chiudere la finestra dei risultati. Utilizzando lo strumento multipunto, contrassegna i punti sul lato superiore sinistro di ogni piastra che diventerà l'angolo in alto a sinistra dei video ritagliati.
Segnalo in ordine di quando sono state avviate le piastre. Dopo aver creato un punto per tutte le piastre, scegliete Analizza, quindi Misura (Measure) dal menu. Le misurazioni che includono le coordinate X e Y dei punti appariranno nella finestra dei risultati.
Per elaborare più video, ripetete il processo in ImageJ con altri file JPEG. Tutte le coordinate X e Y verranno elencate nella stessa finestra dei risultati. Salvare la finestra dei risultati in un file CSV.
Il file deve essere salvato nella stessa directory dei file del filmato. Per trovare l'ora di inizio di ogni piatto, riprodurre il filmato sul computer o sul telefono e prendere nota degli orari di inizio di ogni set di lastre posizionate sotto la fotocamera. Aprire i risultati.
CSV con le coordinate e aggiungere una colonna iniziale. Per ogni riga corrispondente alle singole targhe, immettere l'ora di inizio appropriata in secondi sotto la colonna iniziale. Salvare il file.
Per ritagliare e tagliare i video, esegui il crop_n_trim. script py. Scegli i risultati.
CSV. Immettete le dimensioni della piastra e il valore in pixel annotati in precedenza. Lo script leggerà ora ogni riga dei risultati.
CSV per trovare il filmato corretto al termine dell'esecuzione dello script. Apparirà una cartella con lo stesso nome del filmato, seguita dall'ora di inizio in cui verranno salvati i video corrispondenti al test. Per il conteggio manuale, aprire ogni file AVI in ImageJ.
Contare i vermi visibili all'esterno del prato e quindi calcolare il tasso di occupazione per ogni punto orario. I vermi selvatici N2 hanno progressivamente lasciato il prato batterico e sono rimasti all'esterno come notato nel tasso di occupazione nel tempo. I conteggi effettuati direttamente dalle lastre sono stati confrontati con i conteggi dei vermi ripresi.
I conteggi fatti da worm immaginati si sono rivelati altamente accurati. Quando sono state mediate insieme tre prove per ciascun ceppo, i ceppi N2 e NPR1 hanno prodotto rispettivamente un'accuratezza del 99,5% e del 96,2%.
