Sonication and Biotin Pull-Down of Scarce Cells DNA

Dopo aver purificato il DNA, iniziare prendendo la cromatina digerita legata e decross-linked delle cellule scarse. Impostare il sonicatore a bagnomaria su un fattore di lavoro del 20% di potenza di incidenza di picco da 50 a 200 cicli per raffica per 65 secondi e un intervallo di temperatura da 6 a 10 gradi Celsius e sonicare la cromatina digerita legata e decross-linkata. Dopo aver riparato il campione, trasferire 150 microlitri di perle di streptavidina C1 per campione in un tubo da 1,5 millilitri.

Posizionali su un tubo magnetico da 1,5 millilitri e attendi che tutte le perline siano attaccate al muro. Quindi rimuovere il surnatante, lasciando le perline dietro. Quindi, lavare le perline aggiungendo 400 microlitri di tampone Tween e risospendendole con vortice morbido.

Riposizionare il tubo nel magnete fino a quando tutte le perle sono attaccate al muro. Quindi rimuovere il surnatante, lasciando le perline dietro. Dopo aver risospeso le perline, in 300 microlitri di tampone 2X No-Tween o NTB, combinarle con i 300 microlitri del campione.

Infine, incubare per 15 minuti ruotando a temperatura ambiente per estrarre i frammenti di DNA informativi con biotina.