Per iniziare, attiva l'ambiente Conda inserendo il comando nel terminale. Usare il comando per aprire un notebook Python interattivo. Creare un nuovo notebook Python nella cartella desiderata, fornendo un nome appropriato.
Quindi importare il file Python contenente le funzioni di allineamento eseguendo il comando nella prima cella. Se si utilizzano dati in erba come dati della fase del ciclo cellulare. Importare un frame di dati contenente la percentuale di spostamento in ogni punto temporale eseguendo il comando in una nuova cella.
Quindi allineare i dati in erba a una scala temporale dei punti vitali inserendo la funzione in una nuova cella. Quindi, importare il frame di dati sperimentale nel notebook eseguendo il comando in una nuova cella. Allineare i dati sperimentali a una scala temporale della linea di vita immettendo la funzione in una nuova cella.
Quindi immettere il comando in una nuova cella per scaricare il set di dati allineati alla linea vita. I dati in erba raccolti dalla condizione 2 RNAseq hanno mostrato la percentuale di spessore nel tempo sia per la scala temporale non allineata in minuti, sia per la scala temporale allineata nei punti della linea di vita. I dati di citometria a flusso raccolti per il set di dati della condizione 2 tracciati per un punto temporale selezionato hanno mostrato che i dati corrispondevano alla fase determinata dall'allineamento.
