Dopo aver installato Napari e Napari Animation, creare un nuovo file notebook Jupyter. Per visualizzare le immagini e creare filmati del cervello del pesce zebra renderizzato, caricare l'immagine 3D e aprire la finestra di Napari. Quindi collegare il plugin di animazione Napari.
Quindi, imposta i parametri come la dimensione del voxel, la mappa dei colori e i limiti di contrasto nei controlli dei livelli. Regola le impostazioni del visualizzatore nell'area di disegno. Quindi, per acquisire l'immagine renderizzata, premere il pulsante di acquisizione nella procedura guidata di animazione.
Per generare filmati del volume sottoposto a rendering, modificate le impostazioni del visualizzatore e aggiungete fotogrammi chiave. Dopo aver aggiunto i fotogrammi chiave, impostate il numero di fotogrammi tra i fotogrammi chiave nell'Animazione guidata. Infine, salvate l'animazione sottoposta a rendering.
Il campo visivo volumetrico di un cervello larvale di pesce zebra che esprime GCaMP 7A panneuronale copriva le regioni cerebrali del proencefalo, del mesencefalo e del cervello posteriore. I corpi cellulari neuronali del midollo allungato, della placca cerebellare, del tectum ottico, dell'ebenula e del telencefalo dorsale erano chiaramente visibili in tutto il cervello di un pesce zebra larvale. Nell'imaging funzionale 2D, i corpi delle cellule neuronali erano chiaramente visibili sia sullo sfondo che nell'attività neuronale sovrapposta.
