Per iniziare, scaricare un file di input delimitato da virgole di esempio contenente le misurazioni dei metaboliti. Fare doppio clic sul file di esempio scaricato per aprirlo e assicurarsi che contenga i nomi dei campioni nella prima colonna e le assegnazioni dei gruppi nella seconda colonna. Le colonne rimanenti contengono metaboliti e ogni riga rappresenta un campione.
Successivamente, scarica l'applicazione Java Filigree e fai doppio clic su quella scaricata. jar per avviare l'applicazione. Nella scheda Dati fare clic sul pulsante Sfoglia per caricare il file di input.
In Specifica colonne o righe, fare clic sulla freccia a discesa accanto all'ID di esempio per selezionare il nome della colonna o della riga corrispondente dal file di input. Selezionare quindi Campione. Quindi, fai clic sulla freccia a discesa accanto a Gruppo per selezionare la colonna o la riga corrispondente dal file di input e seleziona Gruppo.
In Specifica gruppi di esempio fare clic sulle frecce a discesa accanto a ciascun gruppo per selezionare la colonna del gruppo corrispondente dal file di input. In Raggruppamento di feature, selezionare la casella accanto al metodo desiderato, calcola gruppi di feature. Fare clic su Visualizza mappe termiche per visualizzare la mappa termica e determinare la percentuale di riduzione desiderata.
Quindi, utilizzando il dispositivo di scorrimento di riduzione delle feature, selezionare la percentuale di riduzione desiderata delle feature e far scorrere il piccolo cerchio fino a quando la riduzione percentuale non mostra un rapporto feature-campione di 1,25. Fare clic sul pulsante Avanti per passare alla scheda Analisi. In Seleziona directory di output, fare clic sul pulsante Sfoglia e selezionare il percorso di directory desiderato per l'archiviazione dei file di output generati.
Fare clic sul pulsante Esegui analisi. Quando viene visualizzato il messaggio che l'analisi è stata completata correttamente, fare clic sul pulsante OK nella finestra popup. Successivamente, nella scheda Analisi, fare clic sul pulsante Sfoglia reti per aprire le sottoreti filigranate interattive in una scheda del browser.
Nella colonna del nome della sottorete, fare clic sul collegamento Sottorete 1. Quindi esplora la sottorete interattiva facendo clic sul pulsante più e ingrandisci la parte della rete e fai clic sul pulsante meno per rimpicciolire. Fare clic su un nodo di gruppo e trascinarlo per riposizionarlo all'interno della sottorete.
Quindi fare clic sul pulsante Espandi feature per espandere tutti i nodi del gruppo ed esaminare i composti specifici che compongono i nodi del gruppo. Quindi fare clic sul pulsante Comprimi feature per comprimere i nodi del gruppo espansi di recente. Quindi, fare clic sul pulsante Per gruppo di esempio per modificare la visualizzazione da una singola sottorete a più sottoreti suddivise da un gruppo.
Quindi, utilizzando la visualizzazione delle sottoreti, esplorare e confrontare i gruppi. Fare clic sul pulsante Tutti gli esempi per tornare alla visualizzazione della sottorete singola e fare clic sul pulsante Avanti per visualizzare la sottorete successiva. La rete differenziale costruita utilizzando le misurazioni dei metaboliti plasmatici del diabete di tipo 1 e dei topi non diabetici ha rivelato un grado più elevato di connettività di rete nel gruppo non diabetico.
I risultati dell'analisi di arricchimento hanno mostrato che nove dei 12 moduli metabolici identificati erano significativamente diversi tra il diabete di tipo 1 e i topi non diabetici.
