Per iniziare, sciacquare delicatamente le guaine fogliari di mais inoculate con spore fungine in acqua deionizzata. Posizionare la guaina su un vetrino da microscopio pulito con la superficie adassiale rivolta verso il basso e la superficie abassiale rivolta verso l'alto. Usando una lama di rasoio a filo singolo, taglia circa un centimetro dalle estremità della guaina e rimuovi la maggior parte del tessuto della lamina su entrambi i lati della nervatura centrale.
Tenere la lama del rasoio con un angolo di 90 gradi per radere il tessuto dalla costola centrale abassiale, esponendo lo strato epidermico sulla superficie adassiale sopra il punto inoculato. Sollevare con cautela la sezione della guaina da un bordo e trasferirla su un nuovo vetrino con la superficie adassiale rivolta verso la parte superiore più vicina alla lente dell'obiettivo. Applicare 60 microlitri di acqua deionizzata sulla sezione e posizionare un vetrino coprioggetto senza introdurre bolle d'aria.
La Stenocarpella maydis ha rapidamente invaso le cellule epidermiche direttamente attraverso gonfiori ifali indifferenziati. Mentre Colletotrichum graminicola produceva appressoria melanizzata. La colorazione blu di tripano ha rivelato la natura e l'estensione della colonizzazione delle ife fungine, con C. graminicola che inizialmente invadeva attraverso spesse ife primarie e successivamente passava a uno stadio necrotrofico.
C.graminicola invade le cellule viventi di mais utilizzando spesse ife primarie separate dal citoplasma ospite da una membrana. Al contrario, S. maydis produce una fitotossina che uccide le cellule epidermiche prima di invaderle. In C. graminicola, la produzione di precipitato marrone scuro nelle guaine fogliari del mais ha indicato un burst ossidativo correlato a una risposta di resistenza dell'ospite.
