Per iniziare, assicurarsi che le piastre dello scanner siano pronte con i nematodi caricati. In generale, circa 40 animali e 200 microlitri di prato batterico per piatto sono le condizioni ottimali per un esperimento che dura tutta la vita. Iniziare la configurazione sperimentale applicando un detergente antiappannamento per vetri su entrambi i lati delle lastre di vetro che sosterranno le piastre dello scanner.
Quindi applicare un trattamento protettivo idrofobico per vetri sul lato del vetro che sarà a contatto con le piastre dello scanner. Attendere da cinque a 10 minuti e rimuovere eventuali residui sulla lastra di vetro. Applicare etanolo al 70% per disinfettare il lato del vetro che sarà a contatto con le piastre dello scanner.
Lasciare agire per uno o due minuti e poi rimuovere l'etanolo con un panno o un tovagliolo di carta. Per caricare le piastre sugli scanner, posizionare i tappetini in gomma dell'autoclave sopra il vetro di supporto della piastra trattato. Prendere le piastre dello scanner utilizzate per l'imaging con i nematodi caricati e rimuovere il coperchio.
Posizionare le piastre su un tappetino di gomma rivolto verso la superficie del vetro. Scollegare le ventole dello scanner per proteggere le dita dello sperimentatore durante il caricamento della piastra. Far scorrere delicatamente le lastre e le lastre di vetro che le sostengono sulla superficie dello scanner.
Riattivare le ventole dello scanner e verificare che le ventole anteriori e laterali siano alimentate. A questo punto accendi gli scanner. Prima di iniziare l'esperimento, eseguire i passaggi essenziali di acquisizione pre-immagine, incluso l'ottenimento di un'immagine di acquisizione in anteprima dell'intera superficie dello scanner.
Utilizzando l'interfaccia web, trova la sezione di acquisizione delle immagini della pagina principale e segui il link chiamato Dispositivi di acquisizione e server di immagini. Nella casella aperta, fare clic su Cerca nuovi dispositivi e assicurarsi che ogni scanner collegato al server venga visualizzato nella casella Dispositivi di acquisizione delle immagini. Selezionare la casella di controllo corrispondente a ciascuno scanner contenente le lastre appena caricate, quindi fare clic sul pulsante Richiedi acquisizione anteprima.
Successivamente, nel browser Worm, selezionare l'immagine di apertura del file, quindi scegliere l'immagine desiderata per aprire ogni immagine di acquisizione in anteprima. Per ogni immagine, fare clic per selezionare le colonne corrispondenti alle regioni contenenti lastre. Una volta definite tutte le immagini, selezionare l'acquisizione delle immagini.
Definire le aree di scansione, salvare le aree di scansione selezionate su disco, quindi scegliere la posizione desiderata per esportare le specifiche della regione su disco. Assemblare un file contenente il nome dell'esperimento, le posizioni fisiche di ogni colonna sugli scanner, la durata totale dell'esperimento e la frequenza di acquisizione dell'immagine. Salvalo come file di testo e XML.
Nel browser Worm, fare clic su acquisizione immagini, inviare la pianificazione dell'esperimento e scegliere il file XML generato. Il browser Worm chiederà se visualizzare un riepilogo della pianificazione o eseguire l'esperimento. Generare un file di riepilogo, verificare le date delle acquisizioni pianificate, la posizione, il nome e il numero di scanner nel riepilogo.
Anche in questo caso, caricare il file XML per la pianificazione dell'esperimento come illustrato. Il browser Worm chiederà una seconda volta se visualizzare un riepilogo della pianificazione o se eseguire l'esperimento. Questa volta, scegli di eseguire l'esperimento.
La macchina per la durata di vita funzionerà ora in modo autonomo fino al completamento delle scansioni finali specificate nel programma dell'esperimento. Al termine dell'esperimento e dopo aver eseguito tutte le fasi di acquisizione delle immagini e dell'affrancatura, convalidare manualmente i risultati automatici utilizzando il browser Worm. Nel menu del browser Worm, fare clic su file, selezionare l'esperimento corrente e scegliere l'esperimento desiderato.
Per generare lo storyboard, fare clic su convalida, sfogliare l'intero esperimento, quindi selezionare immediatamente dopo la morte di ogni worm. Fare clic con il pulsante destro del mouse sull'immagine dell'oggetto per escludere oggetti non worm dallo storyboard. Per escludere contemporaneamente tutti gli oggetti di una pagina, tieni premuto il tasto Ctrl e fai clic con il pulsante destro del mouse su qualsiasi oggetto.
Fare clic due volte con il pulsante destro del mouse per includere nuovamente un oggetto escluso nell'analisi. Per salvare le annotazioni effettuate durante l'annotazione dello storyboard, fare clic sul pulsante Salva. Fare clic con il pulsante sinistro del mouse una volta su qualsiasi oggetto dello storyboard per aprire una nuova finestra in cui vengono visualizzate informazioni dettagliate sulle serie temporali relative a tale oggetto.
Per annotare manualmente gli orari di morte, fare clic con il pulsante sinistro del mouse sulla barra in basso nel punto corrispondente all'ora di morte. Usa la barra spaziatrice e le frecce destra o sinistra della tastiera per spostarti tra gli intervalli di tempo o fai clic direttamente sulla barra nell'intervallo di tempo desiderato. Annota manualmente gli eventi di contrazione ed espansione facendo clic con il pulsante destro del mouse sulla barra in basso nell'intervallo di tempo desiderato.
Guarda le curve di sopravvivenza sul lato sinistro e il grafico a dispersione che confronta il momento di cessazione del movimento vigoroso con il momento della morte per ogni individuo sul lato destro dello storyboard. Per generare i tempi di morte per un esperimento, nel browser Worm selezionare i file di dati, i tempi di morte, quindi fare clic su Genera tempi di morte per l'esperimento corrente. Di seguito è riportato l'effetto della convalida manuale dei dati sulle curve di sopravvivenza.
Le curve di sopravvivenza iniziali prodotte prima dell'annotazione dello storyboard sono state distorte dall'inclusione impropria degli oggetti non worm. Dopo aver escluso gli oggetti non vermi durante l'annotazione manuale dello storyboard, le curve di sopravvivenza risultanti hanno mostrato una risoluzione significativamente migliorata. La rappresentazione grafica mostra la durata media residua stimata nelle diverse fasi dell'analisi post-acquisizione dell'immagine e la sua correlazione con la durata della vita del verme.
È stato scoperto che l'annotazione manuale dei tempi di morte nell'analisi dell'invecchiamento comportamentale è particolarmente importante nei vermi a vita più lunga. In questo caso, quelli esposti alle concentrazioni più basse di buoi. In conclusione, la stima automatizzata del tempo di morte della macchina della vita è sufficientemente accurata per i saggi di sopravvivenza.
Mentre i saggi di invecchiamento comportamentale possono trarre vantaggio dall'annotazione manuale.
