Per iniziare, aggiungi 70 microlitri di tampone condizionante per ogni millilitro di infrazione supernata priva di cellule dell'umore oculare. Agitare le perline di pulizia per mescolare accuratamente. Quindi, aggiungi le perline al campione, quindi fai il vortice tra il campione e le miscele di perline.
Centrifugare questa miscela a 3000 g per 15 minuti a temperatura ambiente. Senza rimuovere il pellet, estrarre il supernato, quindi aggiungere un volume uguale di tampone di digestione del pellet di urina al pellet. Pipettare la soluzione su e giù per risospendere il pellet.
Aggiungere ora la proteinasi K alla miscela di pellet in sospensione. Incubare la miscela a 55 gradi Celsius per 30 minuti, quindi aggiungere un volume uguale di tampone di lisi genomica alla miscela di digestione. Agitare accuratamente la soluzione per mescolarla bene.
A questo punto, posizionare la colonna di centrifuga disponibile in commercio in una nuova provetta di raccolta. Aggiungere 200 microlitri di tampone di preparazione del DNA urinario alla colonna di rotazione. Centrifugare a 16.000 g per un minuto a temperatura ambiente ed eliminare il flusso.
Ora pipetta 700 microlitri di tampone per il lavaggio del DNA urinario alla colonna e centrifuga come dimostrato. Dopo aver scartato il flusso, trasferire la colonna rotante in una provetta da microcentrifuga priva di DNasi e RNasi. Infine, aggiungere il volume appropriato di tampone di eluizione del DNA direttamente alla matrice della colonna e lasciarlo riposare per tre o cinque minuti a temperatura ambiente, quindi centrifugare di nuovo per ottenere DNA privo di cellule.
I rendimenti del DNA dei componenti cellulari e privi di cellule dei fluidi oculari erano simili. È stata eseguita l'analisi PCR dei componenti cellulari e liberi di una mutazione associata al linfoma vitreoretinico. Un tasso di mutazione più elevato era presente nella componente priva di cellule, come dimostrato da una soglia di ciclo abbassata.
