Prima di iniziare l'installazione di SCRAP sulla piattaforma Mac OSX, eseguire il comando which git nel terminale per confermare l'esistenza di Git. Per verificare l'installazione di Miniconda, digitare which conda nel terminale. Per installare Miniconda, fare riferimento al file markdown di configurazione della piattaforma sul repository GitHub di Meffert Lab per le istruzioni sull'installazione su Windows, Mac OS e Ubuntu Per i sistemi Mac, utilizzando Home Brew Package Manager, utilizzare il comando brew install miniconda per installare Miniconda.
Per installare Conda, eseguire conda init, specificando la shell in uso, quindi chiudere e riaprire la shell. Se l'installazione è riuscita, viene visualizzato l'ambiente di base attivato all'interno della sessione del terminale. Successivamente, eseguire il clone git indicato per ottenere l'ultima copia del codice sorgente SCRAP.
Installare Mamba, un risolutore di pacchetti migliorato per Conda. Utilizzando il comando seguente, installare tutte le dipendenze per SCRAP da SCRAP_environment. yml al proprio ambiente Conda.
Successivamente, utilizzare lo script bash indicato, specifico per l'organismo le cui interazioni tra l'mRNA dell'RNA SNC vengono analizzate per SCRAP. Specificare la directory della cartella di origine SCRAP ed eseguire la procedura di installazione utilizzando i file all'interno delle cartelle FASTA e annotazione. Assicurarsi che il percorso della directory sia completo e termini con una barra.
Fare riferimento alle tabelle nel file Leggimi. md per le corrette abbreviazioni delle specie miRBasi. Per il genoma di riferimento aggiornato, utilizzare l'UCSC Genome Browser o l'NCBI Genome Data Hub.
Ispezionare il species.annotation corrispondente. nella directory delle annotazioni nella cartella di origine SCRAP. Se è necessario analizzare una specie diversa, fornire un file indicato.
Dopo aver installato le dipendenze e SCRAP, utilizzare lo script indicato per avviare l'analisi SCRAP con la struttura di comandi specificata. Elencare il percorso completo delle directory di esempio senza alcuna scorciatoia e formattare le directory di esempio con il nome della cartella corrispondente al nome di esempio. Sottolineare che il percorso elencato porta alla directory contenente tutte le cartelle di esempio e non a una singola cartella o file di esempio.
Elencare quindi l'intero percorso del file dell'adattatore. Verificare che i nomi di esempio nel file dell'adapter corrispondano ai nomi delle cartelle e dei file menzionati in precedenza. Specificare il tipo di campione, estremità appaiata o estremità singola, e indicare la scelta dei filtri RNA per i pre-mRNA, i tRNA e, facoltativamente, la pulizia dell'RNA.
Elencare l'intero percorso della directory di riferimento. l'abbreviazione della miRBase e l'abbreviazione del genoma di riferimento.
