Dopo aver eseguito SCRAP, utilizzare il comando script indicato per eseguire le chiamate di picco. Elencare i percorsi completi della directory contenente le cartelle di esempio e il file dell'adapter. Quindi, definire i criteri per la chiamata dei picchi, incluso il numero minimo di letture di sequenziazione e il numero di librerie di sequenziamento distinte necessarie per il riconoscimento di un picco.
Indicare se i picchi devono essere forniti da sncRNA della stessa famiglia, il che è rilevante per i miRNA che condividono sequenze seme e possono legarsi a bersagli genici sovrapposti. Quindi, indicare il percorso completo della directory di riferimento, l'abbreviazione di base MIR e l'abbreviazione del genoma di riferimento. Dopo il picco di chiamata, eseguire lo script di annotazione del picco.
Fornire il percorso completo dei picchi risultanti. letto dalla vetta che chiama l'elenco di riferimento e la specie desiderata per l'annotazione. Usa samtools merge per unire tutti i file bam desiderati per facilitare la visualizzazione combinata.
Quindi, usa l'ordinamento samtools per ordinare riga per riga di merged. bam. Indicizza l'ordinato.
BAM utilizzando l'indice SamTools, generando un file di indice in formato SAMtools binario necessario per gli strumenti di visualizzazione genomica. Infine, nel visualizzatore di genomica integrativa, apri l'ordinato. bam e indicizzato.
per file. L'applicazione di una versione modificata di SCRAP a set di dati di sequenziamento precedentemente pubblicati ha rivelato una diminuzione delle interazioni dei miRNA con le regioni degli introni. La riduzione è stata osservata dopo aver isolato le interazioni ad alta confidenza attraverso le chiamate di picco con SCRAP.
