Per iniziare, aprire un browser Web e selezionare il collegamento per accedere alla funzionalità Joint Pathway Analysis sul sito Web di MetaboAnalyst. Accedere alla cartella in cui sono salvati i file di output dell'implementazione di DeepOmicsAE e aprire i file di testo denominati module_n. txt per ogni modulo di segnalazione generato.
Dai file di testo, individua l'elenco delle proteine e copiale. Nella pagina web di MetaboAnalyst, incollare l'elenco copiato delle proteine nella finestra delle proteine del gene con le modifiche di piega facoltative. Ripetere l'operazione per i metaboliti, incollandoli nell'elenco dei composti con la finestra delle modifiche di piega facoltative nella stessa pagina Web.
Scegli l'organismo pertinente e il tipo di ID. Quindi, invia le informazioni facendo clic su Invia nella parte inferiore della pagina. Nella pagina seguente verificare il mapping degli ID per assicurarsi che gli identificatori vengano riconosciuti correttamente, quindi fare clic su Procedi.
Nella pagina Impostazione parametri, selezionare Vie metaboliche integrate o Tutte le vie integrate per visualizzare il contributo dell'input alle vie metaboliche o a tutte le vie di segnalazione. Nel pannello Selezione algoritmo, scegliete Analisi arricchimento, Test ipergeometrico; Misura topologica, Centralità del grado; e Metodo di integrazione, combina i valori p a livello di percorso. Fare clic su Invia in fondo alla pagina.
Nella pagina finale, Visualizzazione risultati, verranno visualizzati i risultati dell'analisi di arricchimento. Ciò include grafici di percorsi arricchiti in base al loro impatto e significato e un elenco tabellare di percorsi. L'interpretazione di MetaboAnalyst dei moduli di segnalazione ottenuti su DeepOmicsAE su un set di dati da campioni cerebrali di pazienti sani o di Alzheimer ha rivelato che per ogni modulo di segnalazione, sono state arricchite vie metaboliche e di segnalazione distinte.
Inoltre, la caratterizzazione delle interazioni che avvengono tra le caratteristiche cliniche e i moduli di segnalazione ha mostrato che l'alterato metabolismo dei glicerolipidi nei pazienti di Alzheimer era associato al loro sesso e all'età al momento della morte. Al contrario, le alterazioni delle sinapsi e della funzionalità degli assoni tendono a verificarsi nei pazienti di Alzheimer, indipendentemente dal sesso, dal livello di istruzione e dalla longevità.
