Analisi delle immagini nel software Gen5 per analizzare la risposta ai farmaci in organoidi derivati da pazienti utilizzando l'imaging multiplex su cellule vive

Per iniziare, è necessario eseguire l'imaging dei PDO marcati con fluorescenza utilizzando il sistema di imaging di cellule vive Cytation 5. Quindi, avvia il software Gen5. Passare a Esperimenti e fare clic su Apri in Gestione attività.

Aprire l'esperimento desiderato e selezionare Piastra, seguito da Visualizza nella barra degli strumenti. Quindi, sposta il menu a discesa dei dati su Proiezione Z. Fare doppio clic su un pozzo scelto.

Selezionare Analizza. Fare clic su Desidero impostare un nuovo passaggio di riduzione dei dati di analisi dell'immagine e fare clic su Impostazioni di analisi OK.In, impostare il tipo su Analisi cellulare e il canale di rilevamento su Proiezione Z trasformata TSF Campo chiaro. Fare clic su Opzioni per aprire la maschera principale e la pagina di conteggio.

Selezionare Auto nella casella della soglia e fare clic su OK per chiudere la finestra popup. In Selezione oggetto, definire le dimensioni minime e massime degli oggetti per filtrare i detriti cellulari o le singole celle e selezionare le altre feature desiderate. Quindi, fai clic su Applica e gli oggetti mascherati verranno evidenziati.

Per impostare un'analisi delle sottopopolazioni nella barra degli strumenti dell'analisi cellulare, fare clic su Metriche calcolate. Quindi, fai clic su Seleziona o crea metriche di interesse a livello di oggetto nell'angolo in basso a destra. Tra le metriche degli oggetti disponibili, scegli le metriche desiderate, ad esempio Circolarità, e fai clic su Inserisci.

Fare clic su OK per confermare. Quindi, seleziona Analisi sottopopolazione nella barra degli strumenti dell'analisi cellulare e fai clic su Aggiungi per creare una nuova sottopopolazione. Immettere un nome per la sottopopolazione.

Nelle metriche dell'oggetto, fai clic su Aggiungi condizione per aggiungere una metrica scelta. Immettere i parametri desiderati nella finestra Modifica condizione e fare clic su OK. Selezionare i risultati desiderati nella tabella nella parte inferiore della finestra e fare clic su OK, quindi su Applica. In Dettagli oggetto, selezionare la sottopopolazione designata per visualizzare il mascheramento.

Se si è soddisfatti, fare clic su OK nella finestra Analisi cellulare e fare clic su Aggiungi passaggio per applicare l'analisi a tutti i pozzetti.