1 Per iniziare, avvia il software Cytoscape 3.9.12 sul desktop e importa il file tsv 3 contenente le proteine principali dell'eczema ano. 4 Fare clic sulla barra di stile nel pannello di controllo 5 per ottimizzare il colore, il carattere e la dimensione dei nodi della rete. 6 Per l'analisi della topologia di rete, 7 utilizzare la funzione di analisi della rete.
8 Per ottenere i geni hub, utilizzare CytoHubba 9 e stabilire la rete di bersagli della malattia componente farmacologica. 10 Aprire il sito Web di Metascape. 11 Selezionare un file o incollare un elenco di geni nella finestra di dialogo 12 e fare clic sul pulsante di invio.
13 Quindi selezionare H. sapiens sia nell'input come specie 14 che nell'analisi come specie, 15 e abilitare la funzione di analisi personalizzata. 16 Nell'opzione di arricchimento, 17 selezionare le funzioni molecolari GO, i processi biologici GO, 18 i componenti cellulari GO e il database KEGG Pathway. 19 Selezionare i cluster GO selettivi, 20 e fare clic sul pulsante di analisi dell'arricchimento.
21 Al termine dell'indicatore di stato, 22 avviare una pagina del report di analisi e fare clic su 23 per recuperare i risultati dell'arricchimento. 24 Aprire lo strumento GEO2R per cercare 25 e analizzare il database dei chip genetici GEO. 26 Aprire il sito Web del database GEO.
27 Quindi inserisci la parola chiave o l'adesione GEO 28 e fai clic sul pulsante di ricerca. 29 Selezionare il miglior risultato corrispondente, 30 e trovare la serie di riferimento. 31 Ora sul sito Web dello strumento GEO2R, 32 inserire la serie di riferimento nella casella di adesione GEO 33 e fare clic sul pulsante di impostazione.
34 Selezionare la dermatite atopica come gruppo sperimentale 35 e il controllo non atopico come gruppo di controllo. 36 Fare clic sul pulsante Analizza e attendere che vengano visualizzati i risultati. 37 analisi di arricchimento KEGG e OB di 59 bersagli chiave 38 hanno identificato 218 percorsi e oltre 3.000 processi biologici, 39 evidenziando percorsi significativi negli SDG e nell'eczema anale.
40 L'analisi OB sui processi biologici, la composizione cellulare, 41 e la funzione molecolare 42 ha enfatizzato i bersagli comuni negli SDG e nell'eczema anale. 43 Le funzioni biologiche rilevanti includevano la fosforilazione della peptidil-tirosina 44 e la regolazione dell'adesione cellula-cellula.
