1 Per iniziare, 2 apri il database dei sistemi di medicina tradizionale cinese 3 Farmacologia. 4 Utilizzando la casella di ricerca del nome chimico, 5 cercare i nomi degli ingredienti selezionati 6 per scaricare i file di struttura 3D corrispondenti 7 in formato Mol2. 8 Per scaricare le strutture cristalline dei bersagli chiave, 9 aprire il database delle proteine RCSB.
10 Nella casella di ricerca, 11 cercare i nomi di destinazione 12 e scaricare i corrispondenti 13 file di struttura cristallina in formato PDB. 14 Importazione degli ingredienti e dei file di struttura target 15 nel software di analisi. 16 Fare clic su Modifica, quindi su Elimina acqua per eliminare le molecole d'acqua.
17 Per aggiungere idrogeni, fare clic su Modifica, Idrogeni e Aggiungi. 18 Impostare gli ingredienti come ligando. 19 Selezionare i bersagli interi come recettore 20 ed eseguire l'aggancio cieco.
21 Per determinare l'intervallo di aggancio molecolare, 22 selezionare il recettore e il ligando in sequenza. 23 Fare clic su Griglia, quindi su Griglia per regolare la griglia 24 in modo che includa l'intero modello. 25 Fare clic su File e chiudi per salvare lo stato corrente della casella della griglia 26 e salvare i file in formato GPF.
27 Ora fai clic su Esegui ed Esegui griglia automatica quattro, 28 fai clic su Nome file parametro e Sfoglia, 29 per selezionare il file GFP. 30 Quindi fare clic sul pulsante Avvia. 31 Per l'aggancio molecolare, 32 aprire l'auto doc four e fare clic su docking, Macromolecola, 33 e impostare il nome del file rigido per selezionare il recettore.
34 Quindi fare clic su Docking, Ligando e aprire, 35 o scegliere di selezionare il ligando. 36 Fare clic su Docking 37 e Parametri di ricerca per impostare gli algoritmi di funzionamento. 38 Quindi fare clic su Docking e Parametri di ancoraggio 39 per impostare i parametri di ancoraggio.
40 Selezionare il file DPF e fare clic sul pulsante di avvio. 41 Salvare i file in formato DPF. 42 Fare clic su Analizza, Docking, 43 e aprire per selezionare il file DLG.
44 Quindi fare clic su Analizza e Macromolecola 45 per aprire il recettore. 46 Ora fai clic su Analizza, Conferme e Gioca, 47 classificati per energia per analizzare i risultati. 48 Infine, fare clic su Imposta riproduzione, 49 e scrivere complesso per salvare i risultati in formato PDBQT.
50 Importa i file di aggancio in PyMOLE, 51 quindi seleziona il ligando e fai clic su Azione, Trova, 52 Contratti polari e su altri atomi e oggetti 53 per visualizzare i legami idrogeno tra i ligandi 54 e l'ambiente esterno. 55 Fare clic sulla singola lettera C per cambiare colore. 56 Fare clic su Azione ed estrarre l'oggetto.
57 Fare clic su Mostra, quindi su Sticks, 58 per mostrare la struttura del bastoncino del recettore, 59 identificare i residui collegati ai ligandi 60 e mostrare la struttura del bastoncino. 61 Quindi fare clic su Wizard and Measurement 62 e fare clic su due atomi in sequenza. 63 Fare clic su Etichetta, quindi su Residuo per visualizzare l'etichetta dei residui.
64 Se necessario, regolare il colore di sfondo e la trasparenza. 65 Infine, fare clic su File, quindi su Esporta immagine come 66 per salvare l'immagine. 67 Nel gruppo della dermatite atopica, 68 l'analisi del database GEO ha rivelato che la sovraregolazione 69 di P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 e P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 e CASP Three sono state sottoregolate.
72 L'analisi di docking ha confermato l'interazione 73 tra i componenti attivi degli SDG 74 e le potenziali proteine bersaglio 75, indicando il loro ruolo significativo nel trattamento dell'eczema anale. 76 L'indaco e la berberrubina hanno dimostrato una forte attività di legame, 77 con energia inferiore a meno di cinque chilocalorie per MOL, 78 sottolineando il loro potenziale terapeutico.
