Per iniziare, scarica le strutture cristalline di Xanthatin e Keap1. Dopo aver elaborato le strutture, spostarsi tra due attività e selezionare l'opzione di aggancio del ligando. Scegli la griglia del ricevitore come dal file e fai clic su Sfoglia.
Quindi fare clic su Desktop, aprire la cartella di aggancio molecolare e fare doppio clic sul file 2FLU della griglia di scorrimento. Selezionare il file zip 2FLU della griglia di scorrimento e fare clic su Apri. Ora, fai clic su usa ligandi da file.
Quindi fare clic su Sfoglia e selezionare Desktop. Selezionare la cartella di ancoraggio molecolare e aprire il file ligprep_1. Successivamente, seleziona il file ligprep_1-out-maegz e fai clic su Apri.
Accedi alle Impostazioni e scegli l'opzione di precisione come XP, precisione extra. Modificare il nome del lavoro in planare. xp2flu e quindi fare clic su Esegui.
Per visualizzare i risultati dell'ancoraggio, fare clic su File e selezionare Opzioni di importazione delle strutture. Passare al desktop e aprire la cartella di ancoraggio molecolare. Successivamente, seleziona il file XP-2FLU del glide-dock.
Scegli il glide-dock XP 1 pv. maegz e fare clic su Apri. Quindi fare doppio clic sul punto nell'area di lavoro per selezionare il ligando.
Scegli sitemap_1_protein. Fare clic su Tabella e scorrere all'estrema destra per visualizzare il punteggio di attracco. Per visualizzare i risultati 2D, selezionare sitemap_1_protein come illustrato in precedenza.
Fare clic su Interazione ligando, selezionare Visualizza e selezionare la casella Legenda LID. Quindi fai clic su File, scegli Salva screenshot e inserisci 6.000 per la larghezza. Deseleziona la casella dello sfondo trasparente e fai clic su OK. Salvare il file sul desktop come 2D-xanthatin-2FLU.
L'analisi di docking molecolare ha predetto l'interazione tra Xanthatin e proteina Keap1.
