Inizia scaricando la struttura del complesso proteina-proteina. A tale scopo, accedere alla home page della banca dati delle proteine e immettere l'ID PDB nella casella di ricerca principale. Nella pagina principale della struttura, fare clic su download files, quindi su assemblaggio biologico 1 per scaricare i file in formato PDB-gz.
Aprire la struttura scaricata in UCSF Chimera. Passare a strumenti, quindi struttura/modifica e fare clic su ID catena di modifiche. Rinomina la seconda catena, inizialmente etichettata come A in B.Quindi, fai clic su preferiti, seguito dal pannello del modello.
Seleziona il modello con le due catene e fai clic sul pulsante Raggruppa/Separa per separare ciascuna catena in un modello diverso. Quindi, seleziona i due modelli e fai clic sul pulsante Copia/Combina. Immettere un nuovo nome per il modello combinato, selezionare Chiudi modelli di origine e fare clic su OK.
Fare clic su seleziona, quindi sulla catena e confermare che le catene nel dimero sono ora identificate come A e B.Fare clic su file e salvare PDB per salvare la struttura modificata come nuovo file PDB. Per identificare il segmento target nella proteina ligando, accedere al server BUDE Alanine Scan. Fare clic sul pulsante Scegli file in Struttura, caricare e caricare il file PDB salvato.
Nella pagina successiva, verificare che la struttura sia stata caricata correttamente e inserire un nome per il lavoro nel server. Imposta le catene A come recettore e B come ligando, quindi fai clic sul pulsante di avvio della scansione per inviare il lavoro. Una volta terminato il lavoro, fare clic su mostra risultati per aprire la pagina dei risultati.
Dall'elenco dei residui, selezionare il tratto di residui che si prevede interagisca meglio con la superficie di legatura target. Utilizzando questo protocollo, è stato previsto un segmento di amminoacido che interagisce con la superficie di legame di IRF5. Utilizzando la mutagenesi computazionale a scansione di alanina, è stato previsto un segmento di 13 aminoacidi dalle posizioni 424 a 436, con il motivo PLXIS a partire dall'arginina 432.
