Dopo l'esecuzione LCMS degli estratti di radici vegetali, esaminare il cromatogramma ionico totale delle scansioni Q1 e Q3, inclusa la scansione ionica del prodotto dipendente dai dati. Osservare la massa genitore di ioni abbondanti con caratteristiche simili agli alcaloidi tropanici, inclusa una massa inferiore a 500 Dalton per lo ione caricato positivamente, tipicamente, un numero pari. Tempi di ritenzione compresi tra due e 22 minuti e frammenti che corrispondono ai valori di carica master coerenti con gli alcaloidi tropanici.
Esaminare il cromatogramma a scansione ionica precursore o il canale specifico per la carica master 124 e determinare quali picchi o ioni in quali tempi di ritenzione producono questo frammento specifico. Fare clic su scansione per scansione, attraverso il cromatogramma ed esaminare gli spettri MS-MS completi dalla scansione ionica del prodotto dipendente dai dati, in particolare per le specie meno abbondanti. Successivamente, analizzare insieme i cromatogrammi a scansione ionica precursori per la carica master 122 e 140, che indicano alcaloidi tropanici disostituiti, e la carica master 138 e 156, indicativa di alcaloidi tropanici trisostituiti.
Esaminare il cromatogramma a scansione con perdita neutra o i canali per verificare la presenza di carica master 160 e 166. Identifica quali picchi o ioni producono perdite neutre e annota i loro tempi di ritenzione. Fare clic scansione per scansione attraverso il cromatogramma e confrontare con la frammentazione della scansione ionica del prodotto dipendente dai dati, in particolare per le specie meno abbondanti.
Utilizzare la combinazione di scansione ionica precursore e dati di scansione con perdita neutra, supportata dai risultati della scansione ionica del prodotto dipendente dai dati, per effettuare annotazioni putative degli alcaloidi osservati. Inizia con la massa tropanica più piccola, quindi aggiungi la perdita neutra e tieni conto della massa rimanente. Confrontare le annotazioni degli alcaloidi con quelle riportate in letteratura per determinare il modello di sostituzione degli alcaloidi tropanici.
Inoltre, utilizzare gli standard disponibili in commercio dei comuni alcaloidi tropanici per la conferma. Il cromatogramma a scansione Q1 completo dell'estratto di radice di Datura metel ha rivelato diversi alcaloidi tropanici con abbondanze variabili. Le caratteristiche per la carica master 124, 122, 140, 138 e 156 indicavano la presenza di alcaloidi tropanici.
Molti di questi alcaloidi tropanici erano acetilati, tigloilati o derivati dall'acido fenolattico o tropicale, come evidenziato dai segnali nei cromatogrammi a scansione con perdita neutra. L'utilizzo dei dati spettrali ha permesso l'annotazione di alcaloidi specifici, in particolare l'identificazione di un composto con massa apparente di carica master 224. Il metodo ha permesso la deduzione di una struttura composta attraverso il suo modello di frammentazione e perdita neutra, confermando la presenza di gruppi tigloilici come sostituzioni.
L'esame di un estratto acquoso di metanolo dai semi di Datura stramonium ha prodotto un cromatogramma di picco della base di scansione Q1 completo, identificando un alcaloide tropanico monosostituito altamente abbondante, probabilmente iosciamina. Lo spettro MS-MS ad alta risoluzione consente anche l'identificazione di nuovi alcaloidi dai semi di Datura stramonium.
