Per iniziare, preparare una scorta di acrilammide al 20%, urea a sette molari e 1X soluzione di TBE. Per un gel, combinare 10 millilitri di soluzione di acrilammide e urea con 100 microlitri di persolfato di ammonio al 10% e tre microlitri di tetrametiletilendiammina e gettarlo in una rotella di gel. Dopo che il gel si è solidificato, pre-rotocedere il gel in 1X tampone TBE per 30 minuti a 10 milliampere per gel con riscaldamento esterno.
Utilizzando una pipetta Pasteur, sciacquare 1X TBE nei pozzetti del gel per rimuovere l'urea in eccesso. Caricare 10 microlitri di ciascuna reazione e far funzionare da una a 1,5 ore a 45-55 gradi Celsius. Visualizza il gel con le impostazioni corrette per il fluoroforo scelto.
Infine, quantificare l'intensità della banda del prodotto e del substrato utilizzando ImageJ e calcolare la percentuale del prodotto utilizzando la formula. L'attività della DNA ligasi ha portato ad un aumento delle dimensioni degli oligonucleotidi da 20 nucleotidi a 40 nucleotidi osservati su un gel di urea PAGE. La DNA ligasi batterica lega sia i substrati di DNA intaccati che quelli non corrispondenti e può utilizzare sia il magnesio che il manganese per l'attività di legatura con una preferenza per il magnesio.
