Sequenziamento e identificazione di microbiota di biofilm multispecie da campioni di rizosfera

Per iniziare, stabilisci un biofilm della rizosfera multispecie e ottieni la sospensione cellulare del microbiota. Mescolare il brodo di soia a trittico con sali minimi, glicerolo glutammato in un rapporto uno a uno. Incubare la sospensione cellulare nel terreno a 30 gradi Celsius durante la notte per attivare i batteri.

Posizionare i filtri cellulari in nylon da 100 micrometri su una piastra a 24 pozzetti. Inoculare la sospensione batterica in tre repliche e coltivare il biofilm della pellicola per 36 ore a 30 gradi Celsius. Rimuovere il filtro contenente il biofilm della pellicola e aggiungere due millilitri di tampone PBSS a una nuova piastra cellulare a 24 pozzetti.

Posizionare il filtro nella piastra per lavare il biofilm e rimuovere le cellule libere. Dopo l'identificazione e la coltivazione delle cinque specie principali nel biofilm, incubare le 31 combinazioni di comunità sintetiche nel terreno. A seguito della procedura menzionata, sono stati osservati gradienti significativi nella capacità di formazione di biofilm dal microbiota del suolo della rizosfera del cetriolo.

Il sequenziamento dell'amplicone del biofilm ha confermato la presenza di varie specie nella pellicola.