Per iniziare, scarica la pipeline di analisi compressa da GitHub digitando il comando nel terminale. Dopo il download, inserisci il comando per decomprimere il file zip. Una volta completata la decompressione, rimuovere il file zip e modificare il nome della cartella decompressa.
Quindi, impostare le autorizzazioni eseguibili per tutti gli script della shell nella directory di lavoro. Dalle opzioni disponibili, individuare lo script della shell di installazione appropriato. Cerca uno script chiamato Script_01_Installation.sh.
Apri il terminale e digita echo SHELL per verificare la shell predefinita utilizzata nel terminale attivo. Se bash non è la shell predefinita, impostarla digitando chsh s nel terminale. Digita lo script di download della coda veloce nel terminale o trascina il file dello script nel terminale e premi invio.
Dopo aver eseguito lo script, verificare la presenza di messaggi di errore nel file di registro. Ora, inserisci lo script di ritaglio nel terminale ed eseguilo. Quindi, digita lo script di creazione dell'indice bowtie2 nel terminale ed eseguilo.
Infine, esegui lo script di mappatura bowtie2 e premi invio. Digita lo script di filtraggio e ordinamento bam nel terminale ed eseguilo. Quindi, converti bam nei formati BEDPE, BED e bedGraph digitando il comando appropriato nel terminale e premendo invio.
Eseguire la normalizzazione utilizzando il metodo SRPMC, quindi eseguire lo script di analisi delle dimensioni dell'inserto. Eseguire la chiamata di picco utilizzando il comando MACS nel terminale. Successivamente, digita il comando per la chiamata di picco utilizzando SEACR e premi invio.
Creare file BED di picco utilizzando il comando appropriato nel terminale, quindi filtrare i picchi. Quindi, inserisci il comando per unire i picchi MACS. Digita il comando nel terminale per unire i picchi SEACR.
Generare un grafico di correlazione ed eseguire il comando per l'analisi dei componenti principali nel terminale. Quindi, crea un diagramma di Venn confrontando diversi metodi utilizzando il comando appropriato. Immettere il comando per generare un diagramma di Venn per le repliche.
Infine, generare una mappa di calore del centro di picco focalizzata. Quindi, genera un'intera mappa di calore del centro del picco.
