Analisi introduttiva e convalida dei dati di sequenziamento CUT&RUN

La nostra ricerca esplora il ruolo degli elementi ripetitivi del DNA nell'inizio e nella progressione del cancro. Ci chiediamo se questi elementi siano direttamente coinvolti nei meccanismi di inizio del cancro e, in caso affermativo, possiamo utilizzare queste informazioni per migliorare i risultati dei pazienti. Molte tecnologie di sequenziamento di nuova generazione e pipeline analitiche sono state sviluppate per catturare le caratteristiche e i cambiamenti dei fattori epigenetici come i cambiamenti trascrizionali o post-traduzionali della cromatina e il legame alla localizzazione specifica sulla cromatina e le sequenze di DNA o RNA che vengono catturate dalla proteina difensiva sia in risoluzione di massa che in singola cellula.

Le tecnologie utilizzate per far progredire la ricerca nel nostro campo sono quelle in grado di mappare le posizioni genomiche degli istoni modificati o dei fattori di trascrizione sulla cromatina. Per i nostri scopi, la tecnica più rilevante all'interno di questo ombrello di tecnologie è una tecnica chiamata CUT&RUN. Molte pipeline di analisi CUT&RUN disponibili al pubblico sono relativamente complesse per i principianti della bioinformatica che desiderano comprendere il flusso dell'analisi e sviluppare la propria pipeline di analisi per il proprio progetto.

Ma la nostra pipeline di analisi CUT&RUN è sviluppata in modo passo-passo in un unico linguaggio di programma, che è molto più facile da capire e più facile da modificare per ottenere dati di qualità di pubblicazione e per costruire l'esperienza per la bioinformatica. Ci stiamo concentrando per trovare la risposta su come l'espressione cronica dell'RNA a doppio filamento influenzi l'evasione della biomimetica e i tassi di immunoterapia nello sviluppo del cancro, e su come la proteina TP53 possa regolare l'espressione cronica dell'RNA a doppio filamento e l'evasione della biomimetica. E alla fine, vogliamo capire come possiamo curare il cancro resistente all'immunoterapia comprendendo e mirando all'espressione cronica dell'RNA a doppio filamento e al processo di evasione della biomimetica.