Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

Wageningen University

Siguiente generaci&#xF3;n de tecnolog&#xED;as de secuenciaci&#xF3;n permiten obtener a bajo costo la informaci&#xF3;n de la secuencia gen&#xF3;mica que actualmente carece de la mayor&#xED;a de los organismos econ&#xF3;micos y ecol&#xF3;gicos importantes. Para el &#xE1;nade real de datos gen&#xF3;mica es limitada. El &#xE1;nade real es, adem&#xE1;s de una especie de importancia agr&#xED;cola grande y de la sociedad, tambi&#xE9;n la especie clave a la hora de dispersi&#xF3;n a larga distancia de la Influenza Aviar. Para la identificaci&#xF3;n a gran escala de SNPs se realiz&#xF3; la secuenciaci&#xF3;n de Illumina del pato salvaje de ADN y comparamos nuestros datos con los del genoma en curso y la EST secuencia de sus cong&#xE9;neres dom&#xE9;sticos. Este es el primer estudio de este tipo para las aves acu&#xE1;ticas.

Genome Wide SNP descubrimiento, an&#xE1;lisis y evaluaci&#xF3;n en el &#xE1;nade real (Anas platyrhynchos)

&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x4EE5;&#x4F4E;&#x6210;&#x672C;&#x83B7;&#x5F97;&#x76EE;&#x524D;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x7684;&#x6700;&#x7ECF;&#x6D4E;&#x548C;&#x751F;&#x6001;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4FE1;&#x606F;&#x3002;&#x91CE;&#x9E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x662F;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x3002;&#x7EFF;&#x5934;&#x9E2D;&#xFF0C;&#x9664;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x5927;&#x578B;&#x7684;&#x519C;&#x4E1A;&#x548C;&#x793E;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x662F;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x7684;&#x91CD;&#x70B9;&#x7269;&#x79CD;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x5206;&#x6563;&#x7684;&#x79BD;&#x6D41;&#x611F;&#x7684;&#x65F6;&#x5019;&#x3002;&#x5927;&#x578B;&#x8BC6;&#x522B;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x7684;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;&#x7684;&#x91CE;&#x751F;&#x91CE;&#x9E2D; DNA &#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6B63;&#x5728;&#x8FDB;&#x884C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x9A6F;&#x5316;&#x4E2A;&#x4F53;&#x7684; EST &#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x4E3A;&#x6C34;&#x79BD;&#x7C7B;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x53D1;&#x73B0;&#x3001; &#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x4E2D;&#x91CE;&#x9E2D; (&#x5317;&#x4EAC;&#x9E2D;)&#x3002;

Next generation sequencing technologies allow to obtain at low cost the genomic sequence information that currently lacks for most economically and ecologically important organisms. For the mallard duck genomic data is limited. The mallard is, besides a species of large agricultural and societal importance, also the focal species when it comes to long distance dispersal of Avian Influenza. For large scale identification of SNPs we performed Illumina sequencing of wild mallard DNA and compared our data with ongoing genome and EST sequencing of domesticated conspecifics. This is the first study of its kind for waterfowl.

Genome wide SNP discovery, analysis and evaluation in mallard (Anas platyrhynchos).

Suivant les technologies de s&#xE9;quen&#xE7;age g&#xE9;n&#xE9;ration permettent d&#x26;#39;obtenir &#xE0; faible co&#xFB;t de la s&#xE9;quence g&#xE9;nomique d&#x26;#39;information qui manque actuellement pour la plupart &#xE9;conomiquement et &#xE9;cologiquement organismes importants. Pour les donn&#xE9;es canard colvert canard g&#xE9;nomique est limit&#xE9;. Le canard colvert est, en outre une esp&#xE8;ce d&#x26;#39;importance agricole et soci&#xE9;tal important, aussi de l&#x26;#39;esp&#xE8;ce focale quand il s&#x26;#39;agit de dispersion &#xE0; longue distance de la grippe aviaire. Pour l&#x26;#39;identification &#xE0; grande &#xE9;chelle de SNP que nous avons r&#xE9;alis&#xE9; le s&#xE9;quen&#xE7;age Illumina de Mallard sauvage de l&#x26;#39;ADN et nous avons compar&#xE9; nos donn&#xE9;es avec le g&#xE9;nome en cours et le s&#xE9;quen&#xE7;age de leurs cong&#xE9;n&#xE8;res domestiques. Cette &#xE9;tude est la premi&#xE8;re du genre pour la sauvagine.

Genome Wide SNP, analyse et d&#x26;#39;&#xE9;valuation en colvert (Anas platyrhynchos)

N&auml;chste Generation erlauben Technologien um kosteng&uuml;nstig die genomischen Sequenzinformationen zu erhalten, die momentan f&uuml;r die &ouml;konomisch und &ouml;kologisch wichtige Organismen fehlt. F&uuml;r die Stockente ist Genomische Daten beschr&auml;nkt. Die Stockente ist, neben einem Arten von gro&szlig;en landwirtschaftlichen und gesellschaftliche Bedeutung, auch die fokale Ferngespr&auml;che Ausbreitung der Vogelgrippe angeht. F&uuml;r gro&szlig; angelegte Identifikation von SNPs wir Illumina Sequenzierung der wilden Stockenten DNA durchgef&uuml;hrt und verglichen unsere Daten mit laufenden Genom und EST Sequenzierung des domestizierten Abferkelns. Dies ist die erste Studie ihrer Art f&uuml;r Wasserv&ouml;gel.

Genom Breite SNP Ermittlung, Analyse und Bewertung der Stockente (Anas Platyrhynchos).

Prossima generazione tecnologie di sequenziamento consentono di ottenere a basso costo le informazioni di sequenza genomica che attualmente mancano per gli organismi pi&ugrave; economicamente ed ecologicamente importanti. Per l&#39;anatra selvatica dati genomici sono limitati. Il germano reale &egrave;, oltre a una specie di grande importanza agricola e della societ&agrave;, anche la focale specie quando si tratta di dispersione a lunga distanza dell&#39;Influenza aviaria. Per l&#39;identificazione su larga scala di SNPs abbiamo eseguito sequenziamento Illumina di germano reale selvaggio del DNA e rispetto i nostri dati con genoma in corso e sequenziamento EST dei conspecifici domestici. Questo &egrave; il primo studio del genere per gli uccelli acquatici.

Genoma wide SNP discovery, analisi e valutazione di germano reale (Anas platyrhynchos).

&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x4F4E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x6700;&#x3082;&#x7D4C;&#x6E08;&#x7684;&#x306B;&#x3082;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DE;&#x30AC;&#x30E2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306B;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x9CE5;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x306E;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x6563;&#x5E03;&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x3068;&#x30DE;&#x30AC;&#x30E2;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x8FB2;&#x696D;&#x3068;&#x793E;&#x4F1A;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x7A2E;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x7126;&#x70B9;&#x7A2E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; SNP&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x91CE;&#x751F;&#x306E;&#x30DE;&#x30AC;&#x30E2;DNA&#x306E;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x3001;&#x7D99;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x98FC;&#x3044;&#x306A;&#x3089;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x540C;&#x7A2E;&#x306E;EST&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x6C34;&#x9CE5;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7A2E;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;SNP&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30AB;&#x30D0;&#x30EA;&#x30FC;&#x3001;&#x30DE;&#x30AC;&#x30E2;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x8A55;&#x4FA1;&#xFF08;&#x30DE;&#x30AC;&#x30E2;&#xFF09;

&#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC800;&#xB834; &#xD55C; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC73C;&#xB85C; &#xD604;&#xC7AC; &#xAC00;&#xC7A5; &#xACBD;&#xC81C;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD80;&#xC871; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCAD;&#xB465;&#xC624;&#xB9AC; &#xB355;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC81C;&#xD55C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCAD;&#xB465;&#xC624;&#xB9AC; &#xC774;&#xAE30;&#xB3C4;, &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xB18D;&#xC5C5; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC801; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC758; &#xC885; &#xC678;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC870;&#xB958; &#xB3C5;&#xAC10;&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xBD84;&#xC0B0;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD574;&#xC11C; &#xCD08;&#xC810; &#xC885;. Snp&#xC758; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xC57C;&#xC0DD; &#xCCAD;&#xB465;&#xC624;&#xB9AC; DNA&#xC758; Illumina&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xAE38; &#xB4E4; &#xC5EC; &#xC9C4;&#xB41C; conspecifics&#xC758; EST &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBE44;&#xAD50;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xBB3C;&#xC0C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC885;&#xB958;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC774;&#xB2E4;.

&#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; SNP &#xBC1C;&#xACAC;, &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xD3C9;&#xAC00; &#xCCAD;&#xB465;&#xC624;&#xB9AC; (Anas platyrhynchos).

Robert H.S. Kraus

Resource Ecology Group

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Avian Influenza Surveillance with FTA Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Robert H.S. Kraus

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