タンパク質の天然構造は、その構成アミノ酸の側鎖間の相互作用によって形成されます。アミノ酸がこれらの相互作用を形成できない場合、タンパク質はそれ自体で折りたたむことができず、シャペロンが必要になります。特に、付き添いはポリペプチドのフォールディングに必要な追加情報を中継しません。タンパク質の天然構造は、そのアミノ酸配列のみによって決定されます。シャペロンは、折り畳まれたタンパク質の一部にならずにタンパク質のフォールディングを触媒します。
折り畳まれていない、または部分的に折りたたまれたポリペプチドは、多くの場合、折り畳み経路の中間体であり、シャペロンによって安定化され、最終的な正しく折り畳まれた状態につながります。シャペロンがないと、折り畳まれていないポリペプチドまたは部分的に折りたたまれたポリペプチドが誤って折り畳まれたり、不溶性の凝集体を形成したりする可能性があります。これは、アミノ末端またはN末端の正しい折り畳みのためにカルボキシまたはC末端が必要なタンパク質で特に観察されます。このような場合、シャペロンは、ペプチド鎖の残りの部分が合成され、タンパク質全体が正しく折り畳まれるまで、ポリペプチドのN末端部分に結合して折り畳まれていないコンフォメーションで安定化することができます。
シャペロンは、細胞内小器官に輸送される際に、折りたたまれたポリペプチド鎖を安定化することもできます。例えば、タンパク質がサイトゾルからミトコンドリアに移動すると、部分的に折りたたまれたコンフォメーションがミトコンドリア膜を横切って輸送されやすくなります。輸送中、部分的に展開されたポリペプチドはシャペロンによって安定化されます。
さらに、シャペロンは、マルチサブユニットタンパク質などの複雑な構造を持つタンパク質の組み立てに重要な役割を果たします。これらのタンパク質は複数のポリペプチド鎖で構成されており、各鎖を正しく折りたたんでから特定の方法で組み立てる必要があります。関連するプロセスでは、シャペロンは、タンパク質の他の部分が組み立てられている間に、タンパク質の折り畳みと非関連成分の安定化を支援します。
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