染色されたIMAT脂質滴メトリクスの定量を開始するには、ImageJで共焦点スタックを開きます。[Threshold User Interface] を開くには、[Image] > [Adjust] > [Threshold] を選択します。ユーザー インターフェイスで、しきい値設定タイプとして [Intermodes] を選択し、[Dark Background] が選択されていることを確認します。
次に、「適用」をクリックして、しきい値アルゴリズムを実行します。流域アルゴリズムを実行して、接触する脂質滴を分離するには、[Process] (プロセス)、[Binary] (バイナリ)、[Watershed] (流域) の順に選択します。ダイアログボックスで「はい」を選択すると、スタック内のすべての画像が処理され、白一色の広い領域を分割する細い黒い線が追加されます。
最大粒子径と最小粒子径を設定するには、元の画像を開き、楕円形ツールを使用して、ビュー内の最小および最大の脂質滴の輪郭を描きます。次に、これらの形状を ROI マネージャーに「T.Select Analyze」と入力し、次に「Set Measurements」と入力します。ダイアログボックスで、設定を選択し、[エリアのみ]をオンにして、[OK]をクリックします。次に、ROIマネージャーから測定を選択します。
この結果ウィンドウの 2 つの面積メジャーをサイズ範囲として使用し、粒子を解析します。粒子の分析アルゴリズムを使用して関心領域 (ROI) を特定します。解析(Analyze)を選択し、パーティクルを解析(Analyze Particles)を選択します。
選択設定を行うためのダイアログボックスが開きます。ROI測定値を出力するには、分析、測定値の設定の順に選択し、面積、重心、楕円のフィット、スタック位置を選択します。[OK]をクリックします。次に、ROIマネージャーから測定を選択します。
結果テーブルのデータを選択し、Excelにコピーしてさらに分析することができます。個々の脂質滴の指標と分布を詳細に評価するために、BODIPY蛍光標識脂質滴を共焦点顕微鏡で画像化しました。閾値処理と形状セグメンテーションは、各脂質滴のROIを生成するための優れた最初のパスを提供しました。
ただし、エラーを修正するには手動で編集する必要がありました。画像上ではぼんやりと見えた深部脂質の液滴は、ImageJ の楕円ツールを使用して手作業で追加できます。単一のROIとして誤って識別された脂質滴のグループも、元のROIを削除し、複数の新しいROIに置き換えることによって修正することができます。
単一の脂質滴が複数のスライスで一意のROIとして識別された場合、重複するROIは単一のROIに統合されました。