計算的アラニン走査型タンパク質-ペプチド界面の突然変異誘発

まず、タンパク質-タンパク質複合体の構造をダウンロードします。これを行うには、タンパク質データバンクのホームページに移動し、メイン検索ボックスにPDB IDを入力します。構造のメインページで、ダウンロードファイルをクリックし、次に生物学的アセンブリ1をクリックして、PDB-gz形式でファイルをダウンロードします。

ダウンロードしたストラクチャーをUCSF Chimeraで開きます。[ツール]、[構造/編集]の順に移動し、[変更チェーン ID] をクリックします。最初に A とラベル付けされた 2 番目のチェーンの名前を B に変更します。次に、[お気に入り] をクリックし、次に [モデル パネル] をクリックします。

2つのチェーンを持つモデルを選択し、グループ化/グループ解除ボタンをクリックして、各チェーンを異なるモデルに分割します。次に、2つのモデルを選択し、コピー/結合ボタンをクリックします。結合されたモデルの新しい名前を入力し、クローズ ソース モデルをオンにして、[OK] をクリックします。

selectをクリックし、次にchainをクリックし、ダイマー内のチェーンがAおよびBとして識別されたことを確認します。fileをクリックし、PDBを保存して、編集した構造を新しいPDBファイルとして保存します。リガンドタンパク質のターゲットセグメントを特定するには、BUDE Alanine Scanサーバーに移動します。「structure」の下にある「Choose file」ボタンをクリックし、保存したPDBファイルをアップロードします。

次のページで、構造体が正しく読み込まれたことを確認し、サーバー内のジョブの名前を入力します。鎖Aをレセプター、Bをリガンドとして設定し、スキャン開始ボタンをクリックしてジョブを投入します。ジョブが終了したら、[結果の表示] をクリックして結果ページを開きます。

残基リストから、ターゲット結合表面とよりよく相互作用すると予測される残基のストレッチを選択します。このプロトコルを使用して、IRF5結合表面と相互作用するアミノ酸セグメントが予測されました。計算アラニン走査型突然変異誘発を用いて、13アミノ酸セグメントが位置424から436まで予測され、PLXISモチーフはアルギニン432から開始されました。