まず、配列多様化のためのタンパク質ペプチド界面を調製します。chimera で PDB ファイルを開き、ターゲット サブユニットの構造が損なわれず、原子や結合が欠落していないことを確認します。構造から非必須分子をすべて除去するには、「選択」をクリックし、「残基」をクリックし、標準アミノ酸以外のすべての分子を選択します。
次に、[アクション]、[原子/結合]の順にクリックし、削除します。次に、Favorites and Sequenceをクリックし、リガンドと見なされるチェーンをクリックします。リガンド鎖を同定された相互作用セグメントにクロップするには、選択したポジション間の残基を除くすべての残基を削除します。
「File and save PDB」をクリックして、編集した構造を別のPDBファイルに保存します。このファイルを、Rosetta アプリケーションからアクセスできる Linux の場所にコピーします。Rosetta の固定 PDB アプリケーションを使用して、このコマンドを実行して、配列の多様化の前に塩基構造のすべてのアミノ酸側鎖の再パックを実行します。
次に、次のコマンドを使用して、再パックされた PDB ファイルの名前をアンダースコアの再パック サフィックスに変更します。次に、pepspecをデザインモードで実行し、このコマンドを使用してシーケンスの多様化を実行します。次に、gen_pepspec_pwmを使用してpwmを生成します。
Rosetta Suiteに含まれるpyスクリプト。このスクリプトを実行するには、次のコマンドを使用します。配列ロゴを作成するには、前のステップで生成されたペプチド配列のファイルを参照のテキストエディターで開き、すべての配列をコピーします。
Web ロゴサーバーに移動し、複数のシーケンスアラインメントテキストボックスにシーケンスを貼り付けます。入力された長さに応じてロゴの形式とサイズを選択し、[ロゴの作成]をクリックします。このプロトコールを使用して、IRF5結合表面に保存されたpLxISモチーフについて、アミノ酸の選好性が予測されました。
配列の多様化時に生成された位置、重みマトリックス、および配列ロゴは、432位でグルタミン酸を、433位および435位でロイシンおよびイソロイシンを好んでいたことを示しました。セリンが典型的に占める位置427、429、および436は、アスパラギン酸およびグルタミン酸に対するより高い選好を示し、リン酸化およびIRF5二量体化の役割を強調した。Position 425はセリンに対して高い選好性を示し、非リン酸化形態でのタンパク質間相互作用への関与を示唆しています。
