FFPE組織で免疫組織化学を行った後、デジタルパソロジーイメージャーを使用して切片を画像化します。ソフトウェアを起動して、注釈付き画像のスペクトルアンミキシングを実行します。[ファイル]を選択し、[画像を開く]をクリックし、QPTIFFファイルを選択して画像をソフトウェアにアップロードします。
通知済みプロジェクトとしてマークされたスタンプをプロジェクトにアップロードすることを許可します。自家蛍光補正用に用意したQPTIFFファイルをロードします。画像ツールで自家蛍光を選択し、未染色のスライドから赤血球やコラーゲンなどの自家蛍光構造を通って画像に線を引き、自家蛍光を補正します。
次に、[マーカーと色の編集]セクションに移動します。オパール蛍光色素分子に一致するマーカー名を割り当て、色設定を好みのオプションに調整します。インターフェースの左下隅にある[すべて準備]を選択して、蛍光色素のアンミキシングを開始します。
すべての画像を調べて、すべての信号の可視性とアンミキシング プロセスが正常に完了したことを確認します。目玉のアイコンを選択して、すべてのマーカーを1つずつオフにしてからオンにして、品質を確認します。次に、[エクスポート]タブに移動し、[エクスポート]ディレクトリの下にある[参照]ボタンをクリックして、新しい空のエクスポートディレクトリを作成します。
[エクスポートする画像]タブで、合成画像とコンポーネント画像のマルチ画像TIFFを選択します。スライドのバッチ処理のために左側に縦にある「バッチ分析」タブに移動し、エクスポートオプションの下で「各項目に個別のディレクトリを作成」を選択します。分析用のスライドを追加するには、「スライドの追加」ボタンで「QPTIFF」ファイルを選択し、これらをバッチ分析にロードします。
「実行」を選択して、スライドのバッチ処理を開始します。スペクトルアンミキシングのコンポーネントファイルのみを含む新しいフォルダを作成し、階層フォルダ構造が損なわれないようにします。スライドビューアソフトウェア全体を起動します。
左側の「プロジェクトを作成」をクリックし、適切な名前で新しい空のフォルダを作成または選択します。次に、[自動化] をクリックし、[スクリプト エディターの表示] を選択します。既存のスクリプトをコピーして貼り付け、すべてのスライド コンポーネント ファイルを含むフォルダーに向かうように場所を変更します。
実行 を選択して、バッチステッチスライドのプロセスを開始し、完了するまで待ちます。次に、最近生成したOME TIFFファイルをQuPathプロジェクトに移動し、新しいプロジェクトとして保存します。新しいウィンドウが表示されたら、[画像の種類を蛍光に設定] を選択し、[インポート] ボタンをクリックします。
左側のメニューに移動し、リストからサンプルを選択し、ダブルクリックして選択したサンプルを開きます。コントラストアイコンをクリックしてチャンネルの強度を調整し、視認性を高めます。すべてのチャンネルを選択し、リセットを選択します。
自家蛍光がオフになっていることを確認します。腫瘍の関心領域または ROI を描画するには、コントラスト アイコンをもう一度クリックし、[グレースケールを表示] を選択します。その後、腫瘍マーカーチャネルを選択し、最適な視認性を得るために強度を調整します。
ブラシツールをクリックして、腫瘍の周囲にROIを描画します。1つのツールをクリックし、altキーを押しながらROIを調整して、外部からのROIを滑らかにします。終了したら、腫瘍の分離された部分を同じROIにマージします。
左側のリストで ROI 注釈を右クリックし、[プロパティの設定] を選択して、適切な名前を指定します。たとえば、腫瘍です。腫瘍領域からの浸潤性マージンの ROI を拡大するには、 [オブジェクト] 、 [注釈] 、 [注釈の拡張] の順に選択します。
拡張半径に必要なサイズを選択します。remove interior and constrain to parent を選択します。コントラストアイコンをクリックし、自家蛍光チャンネルを選択し、最適な視認性が得られるように強度を調整します。
ワンドをクリックし、Altキーを押しながらROIを調整して、ROIを外側から滑らかにし、このROIの一部にならない背景を削除します。左側のリストで注釈を右クリックします。次に、[プロパティの設定] を選択して、ROI に invasive margin や IM などの適切な名前を割り当てます。
必要に応じて、色を変更します。注釈をエクスポートするには、[ファイル] オプションに移動し、[オブジェクト データ]、[GeoJSON としてエクスポート] の順にクリックし、[すべてのオブジェクトをエクスポート] を選択します。フィーチャ コレクションとしてエクスポートする際のデフォルトの選択を続行し、任意の場所に保存します。
