タンパク質-リガンド複合体研究のためのビジュアルダイナミクスを用いた分子動力学シミュレーション

まず、Visual DynamicsまたはVDのWebページを開き、[ログイン]をクリックしてシステムログイン画面にアクセスします。ログイン後、シミュレーションの提出エリア、チュートリアル、使用統計にアクセスできます。APO酵素シミュレーションを送信するには、サイドバーのnew simulationをクリックし、APOボタンをクリックします。

無料のタンパク質4mgvをアップロードします。pdb ファイルを開き、[AMBER94 Force] フィールドを選択します。[TIP3P] 水モデルを選択し、続いて [Cubic] ボックスを選択します。

タンパク質とボックスエッジの間の距離を0.5ナノメートル選択します。シミュレーションを実行するには、サーバーで実行されるオプションを確認してください。UCSF Chimeraを使用して、タンパク質リガンド複合体4mgvを開きます。

pdvをクリックし、残余をクリックして、コードを D5I に設定します。次に、ファイルで[PDBの保存]をクリックし、[選択した原子のみを保存]を選択し、ファイル名をリガンドに設定します。pdbと入力し、[保存] をクリックします。

Bio2Byte ACPYPE サーバーに移動し、生成されたリガンドを送信します。pdb ファイルを出力ファイルから読み込みます。new simulationをクリックし、続いてprotein ligandをクリックします。

無料のタンパク質4mgvをアップロードします。pdbファイルを選択し、ACPYPEで準備したリガンドファイルを選択し、続いてMBER94フォースフィールドを選択します。TIP3P 水モデルを選択し、続いてキュービック ボックスを選択し、タンパク質とボックス エッジの間の距離を 0.5 ナノメートルにします。

シミュレーションを実行するには、サーバーで実行されるオプションを確認してください。サイドバーの[my simulations]をクリックし、[Download MDP files]をクリックして、使用したシミュレーション設定ファイルをダウンロードします。「コマンド」をクリックして、プラットフォームによって実行されたコマンドのリストをダウンロードし、「GROMACS ログ」をクリックして、GMX コマンド出力を含む LOG ファイルをダウンロードします。

結果をクリックしてGMXコマンドで生成されたファイルをダウンロードし、最後に図のグラフィックをクリックして、各シミュレーションステップを画像およびXVG形式で解析するためのグラフをコンピューターにダウンロードします。タンパク質骨格は2.5オングストローム未満の二乗平均平方根偏差を示し、持続半径は、5ナノ秒のシミュレーション中にタンパク質がX、Y、Z座標のコンパクトさを維持していることを示しました。タンパク質構造内の各アミノ酸の平均変動距離は、二乗平均平方根の揺らぎで示されるように、5ナノ秒のシミュレーションを通じて一貫していました。

このシステムは、エネルギー最小化プロセス中に、1000キロジュール/モル/ナノメートル未満の最大力で安定化しました。