OpenProtは、真核ゲノムのポリシストロニクスアノテーションを可能にする最初のデータベースであり、プロト遺伝子のコード可能性を認識し、これまで検出できなかったタンパク質の発見を可能にします。我々は、それが広範なバイオインフォマティクスのスキルを必要とせずにすべてのユーザーにアクセスできるように、このプロトコルを設計しているそれは本質的に誰の把握の範囲内でプロテオミクスの発見を配置します。今日の医学の課題を理解し、取り組むためには、プロテオム学的な風景とすべてのアクターとそのダイナミクスを十分に理解する必要があります。
オープンプロトはその可能性を提供します。ここで、OpenProtは、パトノミック実験の分析に使用されますが、それは単にプロテオームのより明確な定義を提供するので、他のシステムでも使用することができます。OpenProt Web サイトを開き、トップ ページのメニューからリンクを使用してダウンロード ページを開きます。
分析の実験データと目的のタンパク質タイプに基づいて、目的の種をクリックします。[AllProts]、[アイソフォーム]、および [RefProds] をクリックして、OpenProt データベースに存在する既知および新規のタンパク質タイプをすべて含むファイルを生成し、可能であれば、タンパク質配列が描画されるアノテーションをクリックします。研究目的に従ってタンパク質の検討に必要な裏付けとなる証拠のレベルをクリックします。
次に、OpenProt予測のすべてを含むファイルを生成し、ダウンロードする目的のファイル形式をクリックすると予測されたをクリックします。プロテオームアネイスの場合は、FASTAタンパク質ファイルを選択します。readme ファイルには、ファイル形式に関する必要な情報がすべて含まれます。
データベース処理のために、適切なプロテオミクスツールインスタンスにログインし、新しい履歴を作成します。ダウンロードした OpenProt データベースをインポートするには、[アップロード] をクリックします。データベース処理ワークフローを入力するには、ワークフローページに移動し、アップロードを再度クリックして、ワークフローの実行をクリックします。
次に、インポートした OpenProt データベースを入力として選択し、取得した Fasta ファイルの名前を意味のあるものに変更します。データベースはプロテオミクス分析に使用する準備ができています。質量分析ファイルの準備のために、プロテオウィザードスイートから自由に利用可能なMS変換ツールを開き、分析するデータファイルをアップロードします。
出力のディレクトリを選択し、目的のファイル形式を mzML に設定し、質量分析レベル 1 と 2 のウェーブレットベースのアルゴリズムを使用してピーク ピッキング フィルターを選択し、変換を開始します。タンパク質定量の場合は、新しい履歴を作成し、以前に作成したデータベースを新しい履歴にドラッグ アンド ドロップします。[アップロード] をクリックして、変換された mzML データ ファイルをインポートします。
ワークフロー ページを開き、[アップロード] をもう一度クリックして目的のワークフローをインポートし、[ワークフローの実行] を選択して異なるパラメーターを確認します。インポートした mzML データファイルを選択し、以前に作成したデータベースをデータベース Fasta ファイルとして入力します。ワークフローは X を使用するため!
タンデム検索エンジン、Xをインポートするためにアップロードをクリック!タンデムデフォルトの構成ファイル。OpenProt データを使用する場合のサイズの大幅な増加を考慮すると、厳格な誤検出率を使用します。
品質管理のために、ID フィルター出力でファイル情報ツールを実行して、一致するペプチドスペクトルの数や同定されたペプチドおよびタンパク質の数などの一般的なパフォーマンスメトリックを提供します。OpenProt データベース マイニングの場合は、OpenProt の Web サイトに戻り、検索ページを開きます。タンパク質が同定された対象の種をクリックし、タンパク質検索ボックスにタンパク質の受位数を入力します。
サージをクリックすると、クエリされたタンパク質の基本情報を含むテーブルが表示されます。次に、詳細リンクをクリックします。新しく開かれたページには、問い合わせされたタンパク質を中心としたゲノムブラウザと、その他の情報が含まれます。
タンパク質またはDNA配列を取得するには、情報タブからタンパク質またはDNAのリンクをそれぞれクリックし、タブをクリックして、質量分析証拠リボソームプロファイリング検出、および保存および同定されたタンパク質ドメインに関する詳細情報を参照します。この代表的なアンリシスでは、元の論文で同定されたタンパク質のほとんどは、OpenProt 2_pepまたはOpenProt_allデータベースのいずれかを使用して同定され、OpenProtデータベースがInterPro KBデータベースに基づく現在の手順と同等のタンパク質同定および定量を生成できることを示した。現在データベースにまだアセトされているわけではない11の十分に支持されたタンパク質は、OpenProt 2_pepデータベースを使用して、自信のあるペプチドを持つすべてのデータセットで同定されました。
OpenProt_allデータベースを使用して、自信に満ちたペプチドを持つすべてのデータセットで29の新しいタンパク質が発見されました。推奨される厳格な誤検出率は、最も確実なタンパク質同定には影響を及ぼさなかったが、同定されたタンパク質の総数は減少した。1つの新しいタンパク質がRaf-1タンパク質の相互作用体として発見された。
このタンパク質は、質量分析やリボソームプロファイリングによって以前に検出されておらず、良好な品質スペクトルを実証していました。選択したパラメータが実験計画に適していることを確認し、新しいタンパク質の発見を報告する際には常にスポーツの証拠の質を確認することを忘れないでください。このプロトコルは機能プロテオミクスと共に使用される場合に特に全てのトップダウンプロテオミクス実験に適応可能である。
これは、タンパク質相互作用と細胞経路の多くの深いスクリーニングと理解を可能にします.OpenProtは、現在のゲノム表記によって中継される原質学的景観の実質的な過小評価を強調し、真核遺伝子のポリシストロニクス性を強調しています。それは研究のための全く新しい道です。
このプロトコルの美しさは、広範なバイオインフォマティクススキルを必要とせず、遠くのサーバーを使用するため、任意のコンピュータ上で実行できることです。
