Bone Mask Generation from 3D Slicer Generated File and Statistical Analysis of Identified Bone Erosion in Rheumatoid Arthritis Patients

시작하려면 3D 슬라이서 소프트웨어를 시작하십시오. 식별된 뼈 침식 부위의 이미지 입력을 보려면 3D 슬라이서 창에서 데이터라고 표시된 버튼을 클릭합니다. 그런 다음 파일 선택을 눌러 추가하고 파일을 추가할 개별 이미지를 찾습니다.

전체 이미지 디렉토리를 한 번에 가져오려면 Choose Directory to Add 옵션을 누른 다음 원하는 디렉토리를 검색하여 삽입합니다. 그런 다음 3D 슬라이서 도구 모음의 드롭다운 메뉴를 클릭합니다. 골격 분석 모듈 위에 커서를 놓고 Automatic Mask (자동 마스크)를 클릭합니다.

Step 2 Automatic Mask 탭의 input volume 드롭다운 메뉴에서 입력 볼륨을 선택합니다. 출력 세그멘테이션 드롭다운 메뉴에서 Create New Label Map Volume 을 선택합니다. 다른 출력 라벨을 선호하는 경우 Create New Label Map Volume As 를 클릭하고 원하는 라벨을 제공합니다.

주어진 텍스트 상자에 마스킹할 본 수를 입력한 다음, 알고리즘 드롭다운 메뉴에서 ORMR 또는 Dual Threshold 를 선택합니다. 마스크 가져오기(Get Mask) 를 클릭하여 알고리즘을 실행하고 해당 이미지 디렉터리에 결과를 출력합니다. 이미지에 여러 개의 뼈가 포함되어 있으면 각 뼈에 대해 별도의 마스크가 저장됩니다.

이진 마스크를 3D 슬라이서로 가져오려면 마스크 파일을 BAM 폴더에 있는 로드 마스크 디렉터리에 복사합니다. 3D 슬라이서 창으로 돌아가서 3단계: 수동 수정 탭을 클릭합니다. 마스크 파일을 로드하고 슬라이서 분할로 자동 변환하려면 로드를 클릭합니다.

마스크를 변경하려면 수동 수정 탭에 제공된 도구를 사용합니다. 통계 분석을 시작하려면 도구 모음의 드롭다운 메뉴에서 침식 부피 모듈을 클릭합니다. 이미지와 해당 마스크를 불러옵니다.

입력 영상과 마스크를 선택하고, 출력 분할을 만들고, 침식에 시드 점을 배치합니다. Get Erosions 버튼을 클릭하여 침식 측정 알고리즘을 시작합니다. 자동으로 감지된 침식 볼륨의 크기와 모양이 만족스럽지 않은 경우 Step 5 Manual Correction 탭에서 수동으로 편집합니다.

이제 6단계 통계라고 표시된 탭을 클릭하여 컴퓨터 데이터를 스프레드시트 파일로 내보냅니다. 다음으로, Input Erosions (입력 침식) 라는 드롭다운 메뉴에 침식 볼륨을 입력합니다. 이제 그레이 스케일 이미지와 복셀 폭(밀리미터)을 마스터 볼륨 메뉴의 텍스트 상자에 제공합니다.

Get Statistics(통계 가져오기)를 클릭하여 BAM 폴더에 있는 Erosions Output Data Directory(침식 출력 데이터 디렉터리)에 스프레드시트 파일을 생성합니다.