단백질-리간드 복합체 연구를 위한 시각적 역학을 사용한 분자 역학 시뮬레이션

시작하려면 Visual Dynamics 또는 VD 웹 페이지를 열고 로그인을 클릭하여 시스템 로그인 화면에 액세스합니다. 로그인 후 시뮬레이션 제출 영역, 튜토리얼 및 사용 통계에 액세스할 수 있습니다. APO 효소 시뮬레이션을 제출하려면 사이드바에서 새 시뮬레이션을 클릭하고 APO 버튼을 클릭합니다.

무료 단백질 4mgv를 업로드하십시오. pdb 파일을 선택하고 AMBER94 힘 필드를 선택합니다. TIP3P 물 모델을 선택한 다음 큐빅 상자를 선택합니다.

단백질과 상자 가장자리 사이의 0.5나노미터 거리를 선택합니다. 시뮬레이션을 실행하기 위해 서버에서 실행되는 옵션을 확인하십시오. UCSF 키메라를 사용하여 단백질 리간드 복합체 4mgv를 엽니다.

pdv에서 residue를 클릭하고 코드를 D5I로 설정합니다. 그런 다음 파일에서 PDB 저장을 클릭하고 선택한 원자만 저장을 선택한 다음 파일 이름을 리간드로 설정합니다. PDB를 선택하고 저장을 클릭합니다.

Bio2Byte ACPYPE 서버로 이동하여 생성된 리간드를 제출합니다. pdb 파일을 가져옵니다. 새 시뮬레이션을 클릭한 다음 단백질 리간드를 클릭합니다.

무료 단백질 4mgv를 업로드하십시오. pdb 파일을 선택하고 ACPYPE에서 준비한 리간드 파일을 선택한 다음 MBER94 Force Field를 선택합니다. TIP3P 물 모델을 선택한 다음 Cubic box를 선택하고 단백질과 상자 가장자리 사이의 0.5나노미터 거리를 선택합니다.

시뮬레이션을 실행하기 위해 서버에서 실행되는 옵션을 확인하십시오. 사이드바에서 my simulations(내 시뮬레이션)를 클릭한 다음 Download MDP files(MDP 파일 다운로드)를 클릭하여 사용된 시뮬레이션 구성 파일을 다운로드합니다. commands를 클릭하여 플랫폼에서 실행된 명령 목록을 다운로드하고 GROMACS Log를 클릭하여 GMX 명령 출력이 포함된 LOG 파일을 다운로드합니다.

결과를 클릭하여 GMX 명령으로 생성된 파일을 다운로드하고, 마지막으로 Figure 그래픽스를 클릭하여 각 시뮬레이션 단계를 분석하기 위한 그래프를 이미지 및 XVG 형식으로 컴퓨터에 다운로드합니다. 단백질 골격은 2.5 옹스트롬 미만의 평균 제곱근 편차를 나타냈으며, 지속 반경은 단백질이 5나노초 시뮬레이션 동안 X, Y 및 Z 좌표에서 조밀성을 유지했음을 보여주었습니다. 단백질 구조에서 각 아미노산의 평균 변동 거리는 평균 제곱근 변동으로 표시된 바와 같이 5나노초 시뮬레이션 내내 일관되게 유지되었습니다.

시스템은 에너지 최소화 과정에서 나노미터당 몰당 1000킬로줄 미만의 최대 힘으로 안정화되었습니다.