먼저 건강한 Drosophila 파리 눈 이미지를 동일한 폴더에 배치합니다. 실험 그룹을 식별하고 남성과 여성을 구별하기 위해 파일의 이름이 적절하게 지정되었는지 확인합니다. Ilastik 소프트웨어를 엽니다.
Create New Project(새 프로젝트 만들기)를 클릭합니다. 그런 다음 Other Workflows(기타 워크플로우)에서 Cell Density Counting(셀 밀도 계산)을 선택하고 프로젝트 파일을 저장할 위치를 선택합니다. 순차적으로 1을 클릭합니다.
데이터 입력, 새로 추가 및 개별 이미지 추가를 클릭하여 표준 이미지를 선택합니다. 그런 다음 2를 클릭합니다. 피처 선택(Feature Selection)을 클릭하고 피처를 선택합니다.
감도를 높이려면 더 많은 시그마 값을 선택하십시오. 3을 클릭합니다. 계산하고 전경 시그마 값을 5.00으로 설정합니다.
전경 도구를 사용하여 표준 이미지에 50개 이상의 개별 옴마티디아를 표시합니다. 3을 클릭합니다. 다시 세고 배경 도구를 사용하여 옴마티디아 외부 영역을 표시합니다.
옴마티디아 주위에 격자 모양으로 녹색 선을 그립니다. 4를 클릭합니다. Density Export(밀도 내보내기)를 선택하고 Export Image Settings(내보내기 이미지 설정)를 선택하여 이미지 설정을 조정합니다.
그런 다음 출력 파일 정보를 클릭하고 Flynotyper에서 추가 분석을 위해 tiff 형식을 선택합니다. 5를 클릭합니다. 일괄 처리, 원시 데이터 선택 files, 분석할 모든 실험 비행 사진을 선택합니다.
분석할 가져온 이미지 목록은 Raw Data Files 선택에서 볼 수 있습니다. 딸깍 하는 소리 모든 파일 처리 하단의 5. Batch Processing 섹션.
소프트웨어가 처리를 완료한 후 실험용 플라이 아이 이미지가 포함된 폴더를 확인합니다. 명명된 검은색 이미지(표본 이름 확률)가 있는지 확인합니다. ImageJ에서 Ilastik에서 생성된 tiff 파일을 엽니다.
사각형 선택 도구를 사용하여 눈 주위에 사각형을 만듭니다. 컨트롤 X 또는 컨트롤 C를 선택하여 영역을 자르고 사각형 윤곽선 모양의 검은색 상자가 나타날 때까지 기다립니다. 파일, 새로 만들기 및 내부 클립보드를 순차적으로 클릭하여 자른 파리 눈을 엽니다.
잘라낸 플라이 아이를 JPEG로 저장하려면 파일, 다른 이름으로 저장 및 JPEG를 클릭합니다. ImageJ에서 플러그인을 클릭하고 Flynotyper를 클릭합니다. Genotypes(유전자형)에서 Add Genotypes(유전자형 추가)를 선택하고 절단된 파리 눈 이미지가 포함된 폴더를 엽니다.
Light Microscope(광학 현미경)와 Vertically(수직) 상자를 선택합니다. 그런 다음 Rank Ommatidia By(Ommatidia 순위 기준)에서 Stability(안정성) 및 Distance to Center(중심까지의 거리) 상자를 선택합니다. 고려되는 순위가 매겨진 옴마티디아의 수는 입력을 200으로 설정합니다.
실행을 클릭하고 해석 결과가 나타날 때까지 기다립니다. 추가 분석을 위해 샘플 파일과 P-점수를 복사하여 통계 소프트웨어에 붙여넣습니다. Ilastik으로 처리하고 링 조명 아래에서 분석한 초파리 눈 이미지는 링 조명이 없는 이미지에 비해 더 선명한 피부 패턴을 보여 정성적 평가를 향상시켰습니다.
Flynotyper 분석은 퇴화되지 않은 눈에 비해 중등도 및 심하게 퇴행된 파리 눈에서 유의하게 더 높은 표현형 점수를 나타냈습니다. Ilastik을 사용하지 않았을 때, 퇴화되지 않은 눈과 적당히 퇴행한 눈 사이의 P-점수는 비슷했습니다.
